生物信息学：计算比较基因组学.PDF

生物信息学：计算比较基因组学 Bioinformatics, Computational comparative genomics 本课程是当前生命科学中发展最快、并正在与其它学科广泛交叉渗透的重要前沿学科。 大数据时代下，生物信息学通过结合计算机学科与生命科学相关学科，来帮助解决生物学中 遇到的各种问题。其中，比较基因组学是最引人瞩目的领域之一，它通过对不同物种的基因 组数据进行比较分析，揭示彼此的相似性和差异性，以了解不同物种间进化上的差异。综合 这些信息能进一步帮助我们了解物种形成的机制、基因或基因组上非编码区的功能。 本课程拟分为三个阶段进行： 阶段一：从浅到深地介绍什么是计算比较基因组学，内容包括但不限于： （1）什么是比较基因组学 （2）常用的算法和工具 （3）调控基因组学、表观基因组学介 绍 （4）比较基因组学和人类疾病 阶段二：介绍最前沿的RNA 研究方法，内容包括但不限于： （1）RNA 二级结构 （2）RNA 和癌症 阶段三：邀请客座教授和同学，圆桌讨论生物信息学的研究方法和研究思路。 教师风采 1 王秀杰教授，中科院遗传发育所分子系统生物学中心主任、研究员。1998 年获南开大学生 物学专业学士学位，2000 年获香港科技大学生物化学专业硕士学位，2004 年6 月获洛克菲 勒大学 (The Rockefeller University) 生物信息学专业博士学 位，同年在洛克菲勒大学从事博士后研究。2005 年 1 月加入中 国科学院遗传与发育生物学研究所。入选中科院“百人计划”。 2007 年获国家杰出青年基金。 现任国家重大科学研究计划项目首席科学家。担任 RNA Biology, BMC Genomics, Journal of Genetics and Genomics 等 杂志编委。研究方向为生物信息学和系统生物学，重点关注非编 码RNA 和表观遗传修饰相关的功能与机制。 马坚副教授，美国伊利诺伊大学厄巴纳香槟分校副教授。2000 年获复旦大学计算机科学理学学士学位，2003 年获复旦大学计算机科学理学硕士学位，2006 年获美国滨州州立大学计算机科学博士学位，2007 年在加州大学圣塔克鲁斯分校休斯霍华 德医学研究所生物科学与工程中心进行博士后训练。 2009 年起进入美国伊利诺伊大学厄巴纳香槟分校任教，现 为美国伊利诺伊大学厄巴纳香槟分校副教授。研究方向为比较 基因组，基因调控，和癌症基因组。 2 课程设置 学分：2 学分 学时：36 学时 上课时间：2015 年9 月7 日——9 月15 日 基础知识要求：选课学生应对生命科学与分子进化领域的研究有一定的了解。 课程协调员：顾卓雅 电子邮箱：12210700004@ 上课地点 授课 日期 星期 节次 上课内容 教师 Overview of comparative genomics 9.07 一 1-4 江湾生科院G405 马坚 Algorit