从XML到语义网生命科学领域新的数据交换方式.pdf

2010年 2 月 湖北第二师范学院学报 Feb. 20 10 第 27卷第 2 期 Journal of Hubei U n iversity of Education Vol. 27　No2 从 XML 到语义网生命科学领域新的数据交换方式 1 2 许庆炜 　郭 　坚 ( 1湖北第二师范学院 计算机学院 ,武汉 430205; 2 华中科技大学 ,武汉 430074) 摘 　要 :作为 目前规范系统生物学数据表达的首选机制 , 以句法和文本为中心的 XML 技术已经无法满足生物信息学应 用在高动态扩展和数据整合方面的要求 。本文详细介绍了语义网技术进行的改进 , 以及在生命科学研究领域中的应用 现状 、存在的问题和未来的发展方向。 关键词 :语义网;生命科学 ; XML 中图分类号 : Q811. 4　　　　　文献标识码 : A 　　　　　文章编号 : 1674 344X (20 10) 2 0042 03 ( ) 基金项 目: 国家科技应急支撑项 目 国科社函 【2009 】11 号 资助 ; 湖北省高等学校优秀 中青年科技创新 团队计划 ( ) T200904 资助 。 ( ) 作者简介 :许庆炜 1976 - ,男 ,湖北十堰人 ,讲师 ,博士 ,研究方向为生物信息学 。 ( ) 郭 　坚 1980 - ,男 ,湖北黄石人 ,博士研究生 ,研究方向为生物信息学 。 1　引言 的发展非常重要 。近年来在数据标准制定和开发过程 [ 2 ] [ 3 ] 当前互联网技术业已成为人们获取信息和服务的 中 , XML 被得以广泛应用 。 一大批基于 XML 技术 重要方式 。然而 ,随着互联网信息量迅速增长 ,传统的 的数据标准被广泛用于标识这种生命科学数据 ,包括 信息检索方式已经越来越无法满足人们快速准确获取 编码基因和蛋白质序列 、基因表达和注释数据以及生 信息的需要 。这主要是由于当前系统只是按照统一资 理学 、解剖学和分类学方面的信息 。 ( ( ) 生物信息序列标记语言 The B io inform atic s Se 源定位 U n iform R e sou rce Locator, URL 技术来定位互 联网中的信息 ,并不对网页中的内容进行识别 。传统 quence M arkup L anguage, B SML ) 用于对 DNA , RNA 和 网页信息的主要表现方式多为自然语言、图片 、声音等 蛋白质序列以及它们的图像特征进行注解 ;微阵列和 (