人-全基因组重测序结果报告.pdf

人-全基因组重测序 结果报告 2017-03-10 - 1 - 目录 一、分析结果 - 4 - 1 测序评估 - 4 - 1.1 碱基含量分布检查 - 4 - 1.2 测序质量分布检查 - 4 - 1.3 测序数据质量情况汇总 - 5 - 2 比对统计 - 6 - 2.1 比对结果及比对 - 6 - 2.2 测序深度分布比对结果及统计 - 6 - 3 SNP 检测和注释 - 7 - 3.1 SNP 检测 - 7 - 3.2 SNP 注释及统计 - 7 - 3.3 大效应SNP 注释及统计 - 8 - 4 InDel 检测和注释 - 9 - 4.1 InDel 检测 - 9 - 4.2 InDel 注释及统计 - 9 - 5 SV 检测和注释 - 10 - 5.1 SV 检测 - 10 - 5.2 SV 注释及统计 - 11 - 6 CNV 检测和注释 - 11 - 6.1 CNV 检测 - 11 - 6.2 CNV 注释及统计 - 11 - 6.3 CNV 注释及统计 - 11 - 二、分析方法 - 13 - 1 重测序实验流程 - 13 - 2 生物信息分析流程 - 13 - 3 数据过滤参数设置 - 13 - 4 比对 - 14 - 5 SNP 和InDel 检测 - 14 - 6 SV 检测 - 15 - - 2 - 7 CNV 检测 - 15 - 8 Web Resources - 15 - 三、结果表格 - 16 - 四、参考文献 - 19 - - 3 - 一、分析结果 1 测序评估 根据项目合同要求，我们构建DNA 文库进行全基因组重测序。 1.1 碱基含量分布检查 单碱基组分分布图分布检查用于检测有无AT 、GC 分离现象。由于在基因组双螺旋DNA 中根据碱基 互补原则A 与T 配对、G 与C 配对，所以正常情况下A 与T、G 与C 碱基含量相等。在高通量测序过程 中，测序的对象是随机打断的DNA 片段，位点在基因组上近似均匀，所以测序结果中A 与T、G 与C 碱 基含量应该也近似相等。但是建库和测序的随机性问题，可能导致出现AT 、GC 分离现象。如果测序中该 碱基无法分辨是A 、T、G、C 这四种碱基的哪一种碱基，则标记为N ，测序reads 中N 含量也能反映测序 质量的好坏。 测序reads 前几个碱基AT 、GC 不等波动较大，高于其他测序区段是因为测序本身的关系属于正常情 况。其它区段的GC、AT 的含量相等，且分布均匀无分离现象，测序reads 中N 含量接近于0，说明测序 结果正常。样本碱基组分分布见下图： 图1 单碱基组分分布图 注：横坐标为reads 中的碱基位置，纵坐标为单碱基在该位点所占的比例；不同颜色代表不同的碱基类型；由于是双端 PE 测序，前 150 bp 为一个PE 对的第一端序列read1 ，后 150 bp 为另一端read2 。正常情况下样本无AT 和CT 分离，前几 bp 出现抖动情况是由于随机引物、测序反应开始酶和底物结合不太稳定导致，属于测序本身所带来的正常抖动。 1.2 测序质量分布检查 Illumina 的HiSeq2500/4000/XTen 平台的碱基质量值是用Qphred 表示，HiSeq2500 碱基识别(Bsae Calling) 分析软件为 OLB-1.9.4 ，HiSeq2500 V4 试剂碱基识别（Base