生物信息学课程教学大纲-网络教学.doc
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生物信息学课程
（Bioinformatics）
(学时60)
简要说明
生物信息学是生物信息学专业的专业核心课，同时也是面向生物学各专业的一门选修课，总学时为60学时，其中理论课40学时，实验课20学时。
二、课程的性质、地位和任务
随着人类基因组计划的实施和后基因时代的到来，生物信息呈爆炸性增长之势，信息科学及计算机技术在生命科学研究中开始发挥越来越重要的作用。一门新的交叉学科——《生物信息学》应运而生。它应用先进的数据管理技术、分析模型和计算软件对各种生物数据进行提取、存储、处理和分析，为探索复杂生命现象及其规律提供有力的工具。
三、教学的基本要求和方法
教学上以课堂理论教学为主，结合实验课的课堂演示、学生操作、课程作业和综合性试验，要求学生从理论和实践上理解现代生物信息学的研究领域、内容和研究方法。
四、授课教材及主要参考书目 1. Attwood T K, Parry-Smith D J. Introduction to bioinformatics. Addison Wesley Longman, 1999.
2. Baxevanis A D, Ouellete B F F. Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and protein. John Wiley Sons, 1998.
3. 钟扬、张亮、赵琼主编. 简明生物信息学. 高等教育出版社.
4. 王哲主编. 生物信息学概论. 第四军医大学出版社.
5. 蒋彦、王小行、曹毅等主编. 基础生物信息学. 清华大学出版社.
五、学分和学时分配
本课程总学时为70学时，3.5学分，其中理论课40学时，实验课20学时。
六、教学内容及学时分配
（一）理论教学内容 （40学时）
Chapter 1 Introduction (7 学时 )
目的要求：掌握生物信息学的概念及其研究内容。
讲授内容：
What is Bioinformatics (3 学时)
What is Bioinformatics studying on? (4 学时)
Genomic Information
Proteomics Information
Metabolism network
Biological evolution
Chapter 2 DNA databases and Genome database (5 学时)
目前要求：了解核酸数据库的基本类型，掌握序列检索工具SRS的使用方法。
讲授内容：
DNA database (2 学时)
How to search in the databases? (3 学时)
2.1 SRS
2.2 The datas in NCBI
2.3 Entrez
Chapter 3 Proteomic database and Protein Structure Databases (6 学时)
目的要求：了解蛋白质数据库的种类，熟悉SWISS-PROT数据记录特点。
讲授内容：
1 Sequence databases (3 学时)
PIR
Mips
SWISS-PROT
TrEMBL
2 Protein Structure Database：PDB
3 Protein structure catalog database: SCOP 和CATH
4 Protein Motif database：PROSITE 和 PRINT
Chapter 4 Pairwise alignment (16 couses)
目的要求：掌握双序列比对的基本原理及其方法基础，熟悉相似性计分矩阵；
掌握数据库相似性搜索的工具和实验方法。
讲授内容：
Introduction (3 学时)
What is Pairwise alignment
1.2 Sub-sequence
1.3 The evolutionary foundation of pairwise alignment
Score Matrix for alignment (5 学时)
Algorithm and Program
Position accepted mutation (PAM)
Blosum
Gap penalty
Dot matrix for alignment
Local alignment and alignment (5 学时)
3.1 Global alignment (3 学时)
3.2 Local alignment (2 学时)
3.3 Statistical S
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