最常用生物软件大全介绍讲解.docx

一、 基 因 芯 片： 1、基因芯片综合分析 软 件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行 图像分析，还可以进行数据处理，方便 protocol 的管理功能 强大，商业版正式版：6900 美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics 公司的产品，该公司的 gelpro, imagepro 一直以精确成为同类产品中的佼佼者，相信 arraypro 也不会 差。 phoretix#8482; Array Nonlinear Dynamics 公司的基因片综 合分析软件。 J-express 挪威 Bergen 大学编写，是一个用 JAVA 语言写的应用程序 ，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵（microarray）实验获得 的基因表达数据，需要下载安装 JAVA 运行环境 JRE1.2 后( 5.1M)后，才能运行。 2、 基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进行微矩阵荧光 图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分 隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、 基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进行各种簇（Cluster)分析与 其它各种处理的软件。 SAM ignificance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性 分析软件，EXCEL 软件的插件，由 Stanford 大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 reeView 1.5 斯坦福开发的用来显示 Cluster 软件分析的图形化结果。现 已和 Cluster 成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于 JAVA 语言的系统树生成软件，接收 Cluster 生成的 数据，比 Treeview 增强了某些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA 微矩阵（microarray）软件，批量设计 DNA 和寡核苷 酸引物工具 二、RNA 二级结构。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将 Zuker 的根据 RNA 一级序列预测 RNA 二级结构的算法在软件上实现。预测所 用的热力学数据是最近由 Turner 实验室获得。提供了一些 模块以扩展 Zuker 算法的能力，使之为一个界面友好的 RN A 折叠程序。允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口 的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭 文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程 序。RNAdraw 中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单 打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的 功能列表。RNA 文库（RNA Library）用一种容易操作的方 式来组织你所有的 RNA 数据文件。 基本配置：Windows95,Windows98 或 WindowsNT。Pentium 以上芯片，32 兆内存。 RNAdraw 是一个进行 RNA 二级结构计算的软件。 1. 它 是 Windows 下的多文档窗口 (multipledocument interface) 软件，允许你 同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基 本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数 、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。2. RNAdraw 中一 个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对 鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA 文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织你所有 的 RNA 数据文件。 loopDloop 2.07b Java 语言写成的绘制 RNA 二级结构的软件，需要安装 JA VA 虚拟机。 Circles 0.1.0 Java 语言写成的绘制 RNA 二级结构的软件，需要安装 JA VA 虚拟机。 三、序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的 软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它 都有。该软件具体特有良好的数据库管理（增加、修改、 查找），对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统 一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选 定（数据）-分析-结果（显示、保存和入库）三步完成。 在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析 、结构域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和 实 验 方 法，进行限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式 的分子数据、加以注释，输出高质量的图像。Vector NTI Su ite 还有以下独立的分析程序，完