数据检查cif文件时常见问题及解决办法讲解.PDF

数据检查cif 文件时常见问题及解决办法 一、需要修改参数和添加命令进行精修的问题 1、Mu(calc) and Mu(CIF) Ratio Differs from 1.0 by . 77.73 % 问题：理论计算的单胞线性吸收系数与cif 文件中不一致 2 、Check Reported Molecular Weight 78.48 问题：分子式不正确。 3、Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)... ? Check 问题：单胞中的电子数不正确。 解决方法：根据空间群修改res 文件中晶胞内原子个数及Z 值。 4 、Minimum Crystal Dimension Missing (or Error) ... ? Do ! 5、Medium Crystal Dimension Missing (or Error) ... ? Do ! 6、Maximum Crystal Dimension Missing (or Error) ... ? Do ! 问题：Cif 文件中没有晶体尺寸。 解决办法：在res 文件中加入SIZE 命令和晶体尺寸进行精修。 7、CIF Contains no X-H Bonds ? Check 8、CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ? Check 问题：cif 文件中没有与氢原子有关的键长和键角。 解决办法：在res 文件中添加BOND $H 和 CONF 命令进行精修。 9、Centre of Gravity not Within Unit Cell: Resd. # 1 问题：分子不在晶胞内。 解决办法：将分子移到晶胞内进行精修。 10、The absolute value of parameter shift to su ratio 0.20 11、Absolute value of the parameter shift to su ratio given 5.413 12、Additional refinement cycles may be required. Maximum Shift/Error 5.41 问题：参与精修的参数没有收敛。 解决办法：多精修几次，直到Maximum Shift/Error 接近零，且不再变化。 二、需要手动填写缺失信息问题 1、_symmetry_cell_setting is missing 2 、_symmetry_space_group_name_H-M is missing 解决办法：填写晶系名称和空间群名称。 3、No sus on H-positions, refinement reported as mixed 解决办法：填写正确的加氢方法。 4 、No _chemical_absolute_con 图uration info given ? 解决办法：填写确定绝对构型的方法。 5、_cell_measurement_reflns_used is missing 6、_cell_measurement_theta_max is missing 7、_cell_measurement_theta_min is missing 解决办法：填写用于确定晶胞的衍射点个数、最大θ值和最小θ值。 8、_exptl_crystal_description is missing 9、_exptl_crystal_colour is missing 解决办法：填写晶体形状和颜色。 10、_exptl_absorpt_correction_type has not been identified 解决办法：填写吸收校正方法。 三、原子温度因子和键长不合理 1、Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.83 Ratio 2 、Large Non-Solvent H Uiso(max)/Uiso(min) .. 10.0 Ratio 3、Large Hirshfeld Difference C3 -- C17