生物信息学Chapter2计算机基础分析报告.ppt

第二章 生物信息学的计算机基础 计算机技术是生物信息工作的必备工具 计算机基础知识 数据库技术 Internet与WWW 计算机语言与算法 2.1 数据管理与数据库技术 2.1.1 数据管理的3种形式及其特点 手工管理：低等、不重视数据的保存 文件系统：保存好，可重复使用，数据间缺乏联系 数据库：面向整个应用系统，数据共享，数据的物理结构和逻辑结构可以不同，数据可控性好 2.1.2 数据库基本概念 数据库（database, DB）: 统一管理的相关数据的集合 数据库管理系统（database management system, DBMS）: 对DB进行管理的系统软件，提供DB的建立、查询、更新以及各种数据控制功能 数据库技术：研究数据库的结构、存储、设计、管理和应用的一门软件学科 数据库系统（database system, DBS）:采用数据库技术的计算机系统 数据模型（data model）：数据库结构和语意的一种抽象描述。由数据结构、数据操作和完整性约束三部分组成。 2.1.3 数据库系统的体系结构 2.1.4 关系数据库 关系数据库用非嵌套的表格结构表达实体集和联系集 关系型数据库管理系统软件： Oracle、DB2、Sybase、SQL Server 关系数据库使用结构化的查询语言（structured query language, SQL） 查询用SELECT命令实现： SELECT [属性名列表] FROM 表名列表 WHERE 条件表达式 例2-2 创建关系表GenBase CREATE TABLE GenBase (Sequence_no CHAR(7) NOT NULL, species CHAR(10), group CHAR(15), gene CHAR(15), sequence BLOB); INSERT INTO GenBase VALUES (‘1022858’, ‘N. lutea’, ‘higher plant’, ‘cpDNA rbcL’, ‘AAGA…’); INSERT INTO GenBase VALUES (‘1022859’, ‘N. lutea’, ‘higher plant’, ‘nrDNA ITS’, ‘ACCT…’); INSERT INTO GenBase VALUES (‘2057063’, ‘E. coli’, ‘bacteria’, ‘tRNA-Trp’, ‘ACCA…’); … … … … … … … … … … … … SELECT sequence_no FROM GenBase WHERE gene = ‘cpDNA rbcL’ AND group = ‘higher plants’; 安装和使用MySQL 安装MySQL () 连接数据库服务器: C:\mysql\bin\mysql –u root 产生和使用数据库： mysql CREATE DATABASE menagerie; mysql USE menagerie mysql CREATE TABLE pet (name VARCHAR(20), owner VARCHAR(20), - species VARCHAR(20), sex CHAR(1), birth DATE, death DATE); mysql SHOW TABLES; mysql DESCRIBE pet; mysql LOAD DATA LOCAL INFILE pet.txt INTO TABLE pet LINES TERMINATED BY \r\n; mysql INSERT INTO pet - VALUES (Puffball,Diane,hamster,f,1999-03-30,NULL); mysql SELECT * FROM pet; mysql SELECT * FROM pet WHERE name = Bowser; mysql SELECT * FROM pet WHERE birth = 1998-1-1; mysql SELECT * FROM pet WHERE species = dog AND sex = f; mysql SELECT name, birth FROM pet; mysql SELECT name, birth, CURDATE(), - (YEAR(CURDATE())-YEAR(birth))