水稻基因组BAC物理图谱构建以及相关数据库、分析查询系统的本地搭建的综述报告.docx

水稻基因组BAC物理图谱构建以及相关数据库、分析查询系统的本地搭建的综述报告

随着生物技术的发展，对植物基因组的研究越来越重视。水稻（Oryzasativa）是全球最重要的粮食作物之一，其基因组研究具有重要的意义。建立水稻基因组BAC物理图谱及相关数据库和分析查询系统是水稻基因组研究的一个重要方向。

一、水稻基因组BAC物理图谱的构建

构建水稻基因组BAC物理图谱主要包括以下步骤：

1.选择BAC克隆库和文库构建

构建物理图谱前需要选择适当的BAC克隆库，可选择BAC克隆库，也可以建立自己的BAC文库，并进行合理的筛选。

2.进行BAC-Ends序列测定

对所选BAC克隆，进行基于ABI-3730DNA定序仪的BAC-Ends序列测定，获得BAC-Ends序列数据。

3.进行BAC-Ends序列比对

比对BAC-Ends序列和基因组参考序列。基于基因组序列拼接每个克隆的BAC-Ends序列，获得克隆之间的物理距离信息和物理位置信息。

4.获得BAC样品信息和拆分，组装等操作

对物理图谱中的BAC样品进行拆分和组装操作，得到精确的BAC大分子指纹（BACcontig），构建BAC物理图谱。

5.验证BAC物理图谱的精度

验证BAC物理图谱中的物理距离信息和物理位置信息等，保证BAC物理图谱的精度。

二、水稻基因组相关数据库和分析查询系统

建立水稻基因组相关的数据库和分析查询系统，是构建水稻基因组BAC物理图谱的重要补充。

1.水稻基因组数据的收集和整合

需要收集和整合水稻基因组相关的数据，包括水稻基因组测序数据、注释和功能分析等数据。从而为建立数据库和分析查询系统提供数据支持。

2.数据库的建立

建立包括基因组序列、蛋白序列、基因家族、基因表达谱数据等在内的水稻基因组数据库，为研究者提供基础数据搜索和查询服务。

3.分析查询系统的建立

建立水稻基因组分析查询系统，包括基因预测、功能注释、基因家族分析和表达谱分析等。并可提供相关的数据可视化和工具开发，方便研究者的数据分析和挖掘。

三、本地搭建的优势

搭建水稻基因组BAC物理图谱和相关数据库和分析查询系统的本地搭建的优势在于：

1.自主控制

在本地搭建水稻基因组数据库和分析查询系统，可以自主控制，不用依赖外部服务，避免了因外界因素对研究的干扰。

2.安全保障

由于水稻基因组研究具有重要意义，数据库和分析查询系统的安全对于研究保障至关重要。本地搭建可以保证数据的安全。

3.数据可控

搭建本地水稻基因组数据库和分析查询系统，可以省去互联网传输数据的时间和费用。并且数据库的数据可控，不会受到互联网因素的影响。

总之，建立水稻基因组BAC物理图谱、数据库和分析查询系统，对于揭示水稻基因组结构和功能具有非常重要的意义，本地搭建可以解决数据的安全和可控性问题，值得进一步推广。