分子动力学模拟的优化与并行研究.pdf

·84 · 计算机应用研究 　 2005年 分子动力学模拟的优化与并行研究 1, 2 2 1 张勤勇 , 蒋洪川 , 刘翠华 ( 1. 西华大学 材料学院 , 四川 成都 6 10039; 2. 电子科技大学 微电子与固体电子学院 , 四川 成都 6 10054) 摘 　要 : 分析讨论了分子动力学模拟的算法特征和计算特点 ,对串行程序作了优化 ,并使之适合于作并行化 。 对模拟体系使用区域分解的方法 ,在计算节点间保留了部分重叠区域 ,采用基于消息传递的 M P I设计平台,在可 扩展机群上实现了并行化 ,获得了 90%以上的并行效率 。 关键词 : 分子动力学模拟 ; 优化 ; 并行 中图法分类号 : TP3016　　　文献标识码 : A 　　　文章编号 : 100 13695 (2005) 080084 02 R e search of Op tim ization and Parallelization for Molecu lar D ynam ic s Sim u lation 1, 2 2 1 ZHAN G Q inyong , J IAN G Hongchuan , L IU Cu ihua ( 1. S chool of M a teria l, X ihua Un ivers ity, Chengdu S ichuan 6 10039, Ch ina; 2. S chool of M icroelectron ics S olid E lectron ics, Un iversity of E lectron ics S cience Technology, Cheng du S ichuan 6 10054, Ch ina) A b stract: A nalyze s the algorithm ic character of mo lecu lar dynam ic s sim u lation , and op tim ize s the serial p rogram. In the ta sk decompo se for p arallelization , sp atial decompo sition m ethod is adop ted, and p art of area is keep ing a s overlap in neighbor sub area. On the ba sis of the m e ssage p a ssing p arallel p rogramm ing p latform M P I, and on the network of work station, p aralleliza tion is imp lem en ted. In the p arallel environm en t, the p arallel efficiency is above 90%. Key word: Mo lecu lar D ynam ic s Sim u lation; Op tim ization; Parallelization