分子动力学模拟的 Matlab 实现.pdf

分子动力学模拟的 Matlab 实现 金剑锋 材料学院 东北大学 分子动力学方法流程图 d E (m v ) = F = 初始化体系中每个原子的位 dt i i i r 置 r (t ) 和速度v (t ) ，并输 i 由势函数计算出加速度 i 0 i 0 入相应的势函数 速度 Verlet 算法 每 dt 步长，数值求解运动方程 r (t ) → r (t ) i n i n+1 1 2 v (t ) → v (t ) r (t +dt) = r (t) +v (t)dt + a (t)dt i n i n+1 i i i i 2 1 v (t +dt) = v (t) + a (t +dt) +  a (t) dt 计算宏观物理量， i i i i 2 如温度、压力等； 存储计算结果退 是 更新时间步长：t = t + dt 否 出模拟 判断 t tmax ? 氩原子体系分子动力学模拟的主要公式  12  6  1. 采用 Lennard-Jones （LJ）势函数； σ σ  E = 4ε  −        r r       2. 系统初始化，氩原子初始位置放在简