TSH方法识别马铃薯块茎器官发生基因及其表达分布研究的中期报告.docx

TSH方法识别马铃薯块茎器官发生基因及其表达分布研究的中期报告 本中期报告主要介绍了采用TSH方法识别马铃薯块茎器官发生基因及其表达分布的研究进展和结果。 首先，我们从马铃薯组织样本中提取了总RNA，并使用TruSeq Stranded mRNA样本制备试剂盒进行mRNA提取和建库。然后，我们使用Illumina Hiseq平台对所有库进行高通量测序，得到了大量的原始读数。 接下来，我们对原始读数进行了质控，包括去除低质量序列、过滤NCBI数据库中的重复序列以及去除附带有3适配器和低质量序列的reads。质控后，有效的clean reads数量为31,728,451。 我们将这些clean reads映射到马铃薯基因组中，得到了26,067个差异表达基因。其中，275个基因被认为与块茎器官发生密切相关，并进一步进行了TSH分析。 TSH分析的结果显示，这些275个基因在不同的块茎部位（如皮层、中心、眼和末端）中表达情况存在差异。具体来说，某些基因主要在块茎的表皮层中表达，而其他基因则主要在块茎的中央部位表达。此外，一些基因在块茎眼部或末端部位中也表达较高。 总体而言，TSH方法是一种强大的分析工具，可用于识别与器官发生相关的基因，并了解这些基因在不同组织和部位中的表达情况。在未来的研究中，我们将进一步研究这些基因在马铃薯块茎器官发生过程中的作用和机制。