生物学利用MEGA50和Clustalx软件构建进化树.doc

生物学利用MEGA5.0和Clustalx1.83软件构建进化树 MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。功能比以前多有改进。现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。供大家参考。 用MEGA构建进化树有以下步骤： 1、测序： 将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。 2、NCBI上做Blast /blast/Blast.cgi 找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如 XXXX AGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGAATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGG gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA…… ……………………. 参考序列选择注意事项： 1、不选非培养(unclutured)微生物为参比； 2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。 3、 使用clustalx1.83进行序列比对 打开压缩文件clustalx1.83，运行其中的clustalx.exe文件，如图： 点击File/load sequences，将整理好的*.txt序列文件导入clustalx1.83，如图 接着点击Alignment/Do Complete Aligment 程序自动运行，得出结果，自动输出*.aln 和* .dnd 为后缀的两个文件，并自动存入你*.txt文件所在的文件夹内。 序列比对也可以直接用MEGA来做。 4、运行程序MEGA 5.0，如下图所示： 点击：File导入Clustal程序得到的*.aln文件。再点File/Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal 对比分析后所产生的*.aln文件，转换为*.meg文件。转换时一路确认相关界面。最后查看meg序列文件最后是否正常，命名新文件存盘保存*.meg文件，*.meg文件会和aln文件保存在上述*.txt同一个文件夹中。 5、 关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的*.meg文件。 如果为核酸序列，选择“Nucleotide sequence”，点击“OK”，得到以下图示。 选择默认的Standard，点击OK后，如图所示。 点击程序中的，可以得到下图 在另外一个窗口内，出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标， 可对所选择的序列进行编辑，完成后点击close即可。 序列编辑完成后，可进行保存，点击保存后出现以下界面，点击ok即可。 构建进化树的算法两类主要方法简要说明： 独立元素法（discrete character methods）是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了）。 距离依靠法（distanc