蛋白质－核酸对接方法研究进展-现代生物医学进展.PDF

979 现代生物医学进展 Progress in Modern Biomedicine Vol.12 NO.5 FEB.2012 · · - * 蛋白质 核酸对接方法研究进展 1 1 2 1△ 刘董敏 常 珊 胡建平 田绪红 (1 5106422 614004) 华南农业大学信息学院 广东广州 ；乐山师范学院化学与生命科学学院四川乐山 - - 摘要：分子对接技术作为预测蛋白质 核酸复合物结构的有效方法，为研究在生物学过程中蛋白质 核酸的相互作用提供了重要 - 的工具。本文首先分析了当前蛋白质 核酸对接研究中的主要困难，例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题。然后从构象搜 - - 索、打分函数、柔性策略三个方面比较和总结了蛋白质 核酸对接中主要的计算方法。最后回顾了蛋白质 核酸对接计算模型的 应用，并对未来的工作进行了展望。 - 关键词：蛋白质 核酸对接；构象搜索；打分函数；柔性对接 Q615Q75 A 1673-6273201205-979-05 中图分类号： ， 文献标识码： 文章编号： （ ） 1 1 2 1△ LIUDong-min,CHANGShan,HUJian-ping,TIANXu-hong (1CollegeofInformatics,SouthChinaAgriculturalUniversity,Guangzhou510642,China; 2CollegeofChemistryandLifeScience,LeshanTeachersCollege,SichuanLeshan614000,China) ABSTRACT: theprospectsofthefuturestudyweremade. Keywords: ChineseLibraryClassification(CLC):Q615Q75 Documentcode:A ， ArticleID:1673-6273201205-979-05 （ ） 展要落后许多，它的主要困难在于：第一，缺乏蛋白质的氨基 前言 [8] - 酸和核酸的碱基对之间有关识别模式的信息 。在蛋白质 蛋 蛋白质和核酸是构成生命体最为重要的两类生物大分子， 白质对接中，对接双方作用面上的大量信息可以引导对接并且 蛋白质与核酸的相互作用是许多细胞功能的核心，它在基因表 [9] 限制构象空间的搜索 。然而到现在为止，核酸在对接过程中作 达调控、蛋白质翻译和细胞分裂等细胞过程中发挥着极其重要 DNA RNA