建立聚合物及混合.doc

具体步骤： 1.建立两个同构均聚物 首先，用聚合物构建功能构建聚苯乙烯和聚丙烯。均聚物对话框如下： 在这里，要建立18个重复单元的聚丙烯聚合体。把Repeat unit改为 propylene ，把Chain length改为18 。把Tacticity设为 Syndiotactic 。点击 Build按钮建立聚合体。同时会产生一个名为polypropylene.xsd的3D原子论文件。接下来建立聚苯乙烯聚合体，把Library 改为vinyls，Repeat unit 改为styrene，其他不变，点击Build按钮建立聚合体。同时会产生一个名为Polystyrene.xsd的3D原子论文件。 2. 使用Discover进行结构优化 当聚合体建立好后，还没有进行结构优化，因此要首先用Discover进行结构的初步优化。在工具栏中选择Discover 模块，然后选择Minimizer 项，或从菜单栏中选Modules | Discover | Minimizer，出现Discover Minimization对话框如下： 对话框中Maximun iteration的默认值为5000，而这里我们只需要模拟得到初步的结构，所以不需要那么多步，只需2000就可以。所以把Maximun iteration值改为2000。点击Minimize按钮进行结构优化。 结构优化过程中，工作管理器（Job Explorer）提供了工作的基本信息，比如进程。生成的名为Polystyrene Disco Min的文件储存着计算结果。几秒钟后，一个图表文件和一个状态文件会显示出来，读者可以通过它们监视工作进程。当工作完成后，所有结果都储存在名为Disco Min的文件夹中。优化后的结构文件叫做polystyrene.xsd，储存在Polystyrene Disco Min文件夹中polystyrene.out文件储存着结果中所有的能量信息。 这项工作做完后，进行另一个聚合体的结构优化。在工程管理器（Project Explorer）中 双击 Polypropylene.xsd文件，在Discover Minimization 对话框中点击 Minimize按钮对聚丙烯进行结构优化。当工作完成后，储存工程后关闭所有窗口，在工具栏的文件下拉菜单中点Save Project 按钮 ，然后进入 Windows | Close All，关闭所有窗口。在Polystyrene Disco Min 文件夹中双击 Polystyrene.xsd，在Polypropylene Disco Min文件夹中双击Polypropylene.xsd，两个文件显示在工作区。 3．使用Amorphous Cell建立无定形混合体 当建立聚合物时，要把它们结合在同一个无定形单元中。在工具栏中选Amorphous Cell 中的Construction，或在菜单栏中选择Modules | Amorphous Cell | Construction，Amorphous Cell Construction dialog 显示如下： 首先，把要定义的聚合体添加在单元中，激活Polystyrene.xsd 在Construct 标签页中的Constituent Molecules 栏点击 Add按钮，激活Polypropylene.xsd点击Add 按钮。 在这类计算中，应该构建多个不同的构型来计算，以便获得内聚能密度的平均值，这样会更贴近真实结果，但在指南中只计算一种构型的值，读者有兴趣可以多做几组。Constituent Molecules中默认的聚合物个数为10，本节模拟中不需要那么多，因此要把10改为1。把Number of configurations 的值从 10改为1。接下来要定义无定形聚合物的目标密度，本次模拟中选用的值为0.9，把Target density of final configurations 的值从 1 改为 0.9。密度改变后，晶格参数会自动调整。在进行计算之前还要对计算步骤数目进行修改，翻到Preferences 标签页在 Refinement options 栏中把Dynamics steps改为500。注：在真实模拟中，模拟时间要足够长才能使无定形单元达到平衡。在工程管理器（Project Explorer）中点击工程的根，在Amorphous Cell Construction 对话框中点击 Construct。几秒后，工程管理器中会产生一个名为Polymer AC Constr的文件夹，同时工作管理器会显示工作状态。工作管理器中不仅显示了与工程有关的所有信息，还显示了其他的一些很有用的信息，比如服务器相关信息等，如果需要