华东师范大学曙光高性能计算集群用户手册.pdf

华东师范大学 曙光高性能计算集群 用户手册 曙光信息产业股份有限公司 2012 年 3 月 目 录 第 1 章 集群系统信息 1 1.1 系统概况 1 1.2 计算资源列表2 第2 章 应用软件维护3 2.1 编译器3 2.2 数学库4 2.3 OpenMP 多线程并行程序4 2.4 MPI 并行库5 2.5 应用软件6 2.6 安装和运行程序6 2.6.1 编译、安装OpenMPI 示例6 2.6.2 运行串行程序7 2.6.3 运行并行程序7 第3 章 集群系统管理9 3.1 系统登陆9 3.1.1 命令行终端登录9 3.1.2 图形界面登录 10 3.1.3 Gridview Web 登录 10 3.2 用户管理 10 3.2.1 修改用户密码 10 3.3 作业调度系统管理 11 3.3.1 PBS 的基本命令 11 3.3.2 查询队列信息 12 3.3.3 查询队列信息 pestat checknodes 12 3.3.4 查询作业运行状态 13 3.3.5 查询和删除作业 14 3.3.6 作业调度系统使用举例 14 第4 章 附录——Linux 常用命令 18 4.1 浏览目录命令 18 4.2 浏览文件命令 19 4.3 目录操作命令20 4.4 文件操作命令21 4.5 查找类命令22 4.6 用法帮助命令24 4.7 打包、解包，压缩、解压缩命令24 4.8 时间相关命令26 4.9 系统信息类命令27 4.10 网络通讯类命令28 4.11 软件包管理命令29 4.12 编辑器命令（vim ）31 4.13 用户管理命令33 4.14 用户组管理命令34 4.15 输入/输出重定向与管道命令34 第1章 集群系统信息 1.1 系统概况  整个高性能计算集群分一二三期建设 ：其中一期刀片节点编号为 b110-b149, b210-b249 ，每台刀片计算节点配置2 颗4 核Intel(R) 至强 E5450 3.00GHz 处理器 ， 共计 60 台 ；二期刀片节点编号为 b310-b339, b410-b439 ，每台刀片计算节点配置 2 颗 4 核 Intel(R) 至强 E5640 2.67GHz 处理器 ，共计60 台 ；三期刀片节点编号为 a110-a149, a210-a249, a310-a339, a410-a447 ，每台刀片计算节点配置 2 颗 6 核 Intel(R) 至强 X5675 3.06GHz 处理器 ，共计 148 台，并且有40 台为 GPU 节点。  系统配备 1 套 Lustre 并行文件系统，A 组和 B 组刀片机柜通过 IB 网络挂载 Lustre 并 行文件系统（共计 271 个客户端）。  系统配置登陆管理节点 1 台，部署曙光 Gridview 2.5.2 集群管理系统。用户可通过 IP 地址实现 Web 访问 ，访问地址：31:6080/gridview_portal  系统配置连个登录节点 login、login1 ，供用户登录集群，提交作业，编译程序。  系统配置 1 套线速互联的 40Gb QDR Infiniband 网络。 1 1.2 计算资源列表 que