流程大放送染色质免疫共沉淀测序chip-seq cxk.pdf
#流程大放送#染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)
知因无限
介绍
染色质免疫共沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation,
ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与相互作
用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰
位点的研究。将ChIP与第二代技术相结合的ChIP-Seq技术,
能够高效地在全组范围内检测与组蛋白修饰、转录因子等互
互作的区段信息
该项技术可用于以下研究
1)处于特定时期或特定处理条件下的样本中,特定转录因子
在上的结合位置检测;
2)各种类型组蛋白修饰在上的分布特征;
3)疾病样本中,与疾病发生发展相关的组蛋白修饰表观遗传
机理研究和相关表观分子标志的探索性研究;
4)研究其他各类与能发生互作的蛋白因子在上
的定位特征;
数据处理和分析流程图
预期示例图展示
示例图1多样本差异Peak区域热图展示
示例图2不同条件处理下转录因子结合位点上的PolII信号强弱动态
变化
示例图3Peak区域内的碱基构成分布和转录因子基序分析[1]
示例文献
[1].He,H.H.,etal.,Nucleosomedynamicsdefinetranscriptionalenhancers.
NatGenet,2010.42(4):p.343-7.