2018年 免疫组库测序.pptx

IR-SEQ;目录;1、免疫组库概念;根据淋巴细胞DNA来源的不同，对于免疫组库的研究分为以下几大类：健康人士一般采用抽取外周血的方式；特殊人群比如白血病人或者白血病细胞微小残留病（MRD）患者，为了深入研究其免疫组库的变化也将骨髓血作为淋巴细胞DNA的来源；刚出生的婴儿，其脐带血可以用于研究人在出生早期与母亲在免疫组库方面的联系与区别；而对于动物来说尤其是小型动物，脾脏也是常见淋巴细胞的DNA来源脏器。 以唾液和尿液作为淋巴细胞DNA来源的方式。  ;2、BCR;;3、TCR ;据推测，胚系VDJC基因片段随机组合、重排以及TCR α/β链和γ/δ 链V区基因重排产生的TCR克隆数量高达1015-1018，构成多样性极其丰富的T淋巴细胞抗原受体库。不同T淋巴细胞克隆有不同序列或长度的TCR-CDR3基因，翻译出不同的CDR3多肽序列，从而反映T淋巴细胞功能状态。在发生特异性免疫应答时，TCR多样性发生变化，出现寡克隆甚至单克隆扩增，随着胸腺再生，大量原始T淋巴细胞增殖，TCR免疫组库多样性得以恢复和重建。 ;不同VDJ基因片段组合的多样化； 不同基因片段连接时随机插入删除造成连接的多样化，V(D)J连接区核苷酸的插入和删除，体现为互补决定区簇CDR3)序列多样性； 不同重链和轻链组合的多样化； 以及 B 细胞受体特有的随机高频突变。;5、研究免疫组库的流程 ;二、免疫组库测序;1、免疫组库测序概念;2、两种PCR技术的优缺点;;3、模板比较;4、主流测序技术及优缺点; 免疫组库分析的精确性依赖于HTS数据的可靠性。而HTS数据的可靠性又依赖于测序的准确性和覆盖的深度。 ;Thermo测序平台;5、信息分析;4、免疫组库构建 构建免疫组库表达谱，统计多样性抗体库克隆表达情况 免疫组库多样性呈现，绘制V/J基因表达的2D、3D图 5、免疫组库差异分析 样品间多样性差异分析（辛普森系数、香农威纳系数） 样品间克隆表达差异分析（CDR3，V-D-J） 分组样品间的克隆表达差异分析（CDR3，V-D-J） ;6、IR-SEQ存在的问题;;