高密度常染色体SNPs揭示的现代人群遗传结构.doc

附件2 论文中英文摘要 作者姓名：徐书华 论文题目：高密度常染色体SNPs揭示的现代人群遗传结构 作者简介：徐书华，男，1978年02月出生，2003年09月师从于复旦大学金力教授，于2008年01月获博士学位。 中 文 摘 要 本文利用迄今为止最大规模、高密度的全基因组常染色体单核苷酸多态性数据，对分布在四个大洲（亚洲，欧洲，美洲和非洲）和太平洋岛屿的共40个群体的遗传结构作了比较系统的研究。结果发现人群遗传结构的产生和形成过程中，地理因素占据最主要的地位。亚洲、非洲和欧洲三个大洲的人群以及太平洋岛屿人群在聚类树上形成明显的分支。大洲内部的人群之间，也基本上按照地理分布形成相应的聚类分支。对于亚洲、非洲和欧洲三个大洲的人群来说，绝大部分的变异群体内（85.6%）大洲内部群体之间差异很小（1.2%）大洲之间的人群的遗传差异还是（13.2%）变异的主要来自于群体内部（95.76%），但，语内的群体间的遗传差异所占的比例（3.22%）要大于语间遗传差异所占的比例（1.02%）与佤族同属南亚语系高棉语族的Kensiu和Jehai与佤族的遗传关系相对较远，而南岛语系马来语族的Bidayuh和Temuan却与佤族的遗传关系更接近一些MDS图上的位置相当接近；但AMOVA的分析结98.16%），（%）（0.%）f ≥ 0.4是挑选信息位点的一个比较好的标准。连锁不平衡在美国黑人人群的增强和延伸主要发生在间距大于200 kb的位点之间，并且LD水平局限在0.1 r2 0.8范围。在间距小于200 kb的位点之间，与其双亲群体相比，美国黑人的LD不占优势。“extended LD”是近期产生的混合人群的又一典型特点。不同混合程度的美国黑人个体对连锁不平衡有不同的影响。染色体完全来源于非洲黑人祖先群体的个体对“extended LD”的贡献很小，主要的贡献来自于那些具有显著的双方祖先群体遗传成份的个体。 中国新疆和田维吾尔族群体无疑是一个含有欧洲白人遗传成分和亚洲人遗传成分的混合人群。根据22条常染色体SNP数据的估计，其中欧洲白人成份占52.1%，亚洲人成份占47.9%。因此和田维吾尔族在遗传上更接近欧洲白人。维吾尔族的遗传杂合度比美国白人和亚洲人的杂合度略高。观察到的维吾尔族的位点平均杂合度为0.309，美国白人为0.301，北京汉族为0.284。遗传杂合度的增加也是支持维吾尔族是混合人群的一个证据。与在美国黑人群体中看到的情况相比，维吾尔族个体混合程度变异较小，从22条常染色体的数据估计出的结果是，最小值44.4%，最大值61.8%。根据从常染色体SNP数据得到的重组率，在维吾尔族群体是一次混合事件产生的r2 ≥0.5的水平，维吾尔族的连锁不平衡完全不占优势，即使位点经过挑选也是这样，低水平的连锁不平衡也只有微弱的优势。与美国黑人群体分析中观察到的结果一致，r2 ≥0.8的连锁不平衡延伸不超过200 kb。 萨摩亚人群具有更多的低频SNP位点，位点平均杂合度比普通人群低，这个结果符合隔离人群的特征。在“走出非洲”假说的前提下，萨摩亚人群位于“走出非洲”路线的末端，与欧洲人群的遗传距离较远。本文的分析结果表明萨摩亚人群混有欧洲白人成分的可能性很小。尽管长的连锁不平衡具有相当的吸引力，但是在萨摩亚人群中，连锁不平衡的增强主要发生在200 kb以内的距离范围，这一点刚好与前文讨论的混合人群如美国黑人的情况相反。连锁不平衡受位点频率的很大影响，至少在用r2度量的时候，萨摩亚人群的连锁不平衡在高频位点（MAF ≥0.15）比普通人群有更加明显的提高。对于高频位点（MAF ≥0.15）来讲，在200 kb的范围内，强的连锁不平衡（r2 ≥0.8）总是Samoan的比例最高，平均来讲，是CEU的2.66倍，是CHB的2.33倍；稍弱的连锁不平衡（1/3 ≤ r2 0.5）在Samoan中的增强发生在30 kb以外的距离范围；更弱的连锁不平衡（0.1 ≤ r2 1/3）在Samoan中的增强发生在50 kb以外的范围，这个水平的连锁不平衡也不比普通人群延伸得更远，或者说普通人群和Samoan一样延伸到很远的距离。 关键词： 遗传结构，群体亚结构，单核苷酸多态性，连锁不平衡，LD block，Human Population Genetic Structures Revealed by High Density Autosomal SNPs Xu Shuhua ABSTRACT The genetic structures of 40 human populations distributed in four main continents (Africa, European, Asian and Ameica) and Pacific isl