全基因组重测序在中国地方黄牛上的研究进展.docx

全基因组重测序在中国地方黄牛上的研究进展

目录

全基因组重测序在中国地方黄牛上的研究进展（1）．．．．．．．．．．．．．．3

内容综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

全基因组重测序技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

2.1技术原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

2.2技术优势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.3技术应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

中国地方黄牛品种概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

3.1地方黄牛的遗传多样性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

3.2地方黄牛的育种价值．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

全基因组重测序在中国地方黄牛研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．9

4.1数据采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

4.2基因组组装与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

4.3遗传结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

4.4选择育种相关基因研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

4.5疾病相关基因研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

重要研究成果与发现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

5.1黄牛基因组结构特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

5.2黄牛基因表达调控网络．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

5.3黄牛抗病相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

5.4黄牛育种相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

全基因组重测序在中国地方黄牛研究中的挑战与展望．．．．．．．．．20

6.1技术挑战．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

6.2数据分析挑战．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

6.3应用前景与建议．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

全基因组重测序在中国地方黄牛上的研究进展（2）．．．．．．．．．．．．．23

一、内容描述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

研究背景和意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

国内外研究现状及发展趋势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

二、全基因组重测序技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

技术原理及流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

1.1基本原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

1.2样本准备与测序流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

1.3数据处理与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

技术应用及优势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

2.1物种遗传多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.2遗传图谱构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

2.3优势与局限性．．．．．．．．．．．．．．．．