基因芯片数据的标准化及分析方法.pdf

1·22 · 　中国卫生统计2004 年 4 月第 21 卷第 2 期 基因芯片数据的标准化及分析方法 1 1 2 贺宪民 　贺 　佳 　XIAN G Zhaoying 　　随着人类基因组计划的发展 ,编码人类全部染色 不对称性。 体的约 3～4 万条基因被发现 ,人类基因组计划由此进 C5 ij x ij = log2 入后基因组时代 ,研究重点由发现基因转向探索基因 C3 ij 的功能 , 由此产生了用于基因功能分析的新技术和新 C5 ij 为基因 i 在试验j 上的 Cye - 5 荧光测量值 方法 〔1〕。基因芯片是生物芯片中发展最成熟的一种 C3 ij 为基因 i 在试验j 上的 Cye - 3 荧光测量值 高通量处理技术 ,它提供了从染色体水平分析基因表 2 基因芯片数据的标准化 达模式的手段 ,而它所产生的大量数据对数据的分析 基因芯片实验中的变异来源很多 ,如荧光标记效 和信息的提取提出新的挑战 ,如基因芯片数据的标准 率、扫描参数的设置、空间位置的差异等 ,都可能对基 化 ,差异表达基因的鉴别 ,基因功能的分类 ,基因间的 因表达水平的测量产生影响。因此 ,原始数据需经过 网络调控模式的分析等。 标准化 , 以消除由于系统变异引起的误差,使得基因表 达数据真实地反映测量样品的生物学差异。常规标准 基因芯片数据的产生及标准化 化包括 : ( ) 1 基因芯片数据的产生 1 均数或中位数中心化 包括基因中心化和序列中心化。 通常在实验中使用的共同参照样本与实验本身是 独立的 ,而分析时也应该把参照样本表达水平的影响 去除 ,基因中心化就可以实现这一目的。基因中心化 是把每个基因在各实验中的表达值减去该基因在各实 验中表达值的均数或中位数。基因中心化后的值就反 映了该基因在不同序列下的变异。而当参照基因是实 验的一部分 ,或要了解基因差异表达的程度时 ,不适宜 进行中心化。