转录组和蛋白组课稿.ppt

3. 研究内容 1 3 4 蛋白组学方法分析保加利亚乳杆菌应对酸胁迫过程中的差异表达蛋白 细菌单杂交和EMSA实验分析抗酸胁迫中新转录因子Ldb0667的功能 2 RT-qPCR分析差异基因转录水平的变化 提出保加利亚乳杆菌酸耐受模型 4.研究结果 Survival of L. bulgaricus CAUH1 after acid adaptation. Acid adapted (40 min at the indicated pH) and control (pH 6.5) samples were subjected to an acid challenge (60 min at pH 3.7). OD600 nm = ～0.4 pH 4.8, 40min --700倍 确定酸胁迫处理条件： 致死处理条件：pH 3.7, 60min 蛋白质双向电泳 处理组 对照组 4 7 pI 4 7 pI MW 10 90 40 20 MW 10 90 40 20 平均每块胶得到644个蛋白点，经Image Master 2D Platinum software 分析，选取变化幅度大于1.5倍的蛋白点41个进行质谱鉴定 Results 通过MALDI-TOF/TOF 二级质谱鉴定了27个差异蛋白（17个上调，10个下调），利用NCBI BLAST、KEGG等数据库，确定其功能和参与的代谢途径 糖类代谢: 10 proteins (GlcK, Eno, Pyk, GpmA, GpmB, Gap, Ack, Gpd, Xfp and Pgl) 核苷酸代谢: 3 proteins (PyrG, Cmk and PurR) 翻译过程: 7 proteins (Tuf, FusA, TypA, Der, RplM, RpsS and RpsA) 氨基酸代谢: 2 proteins (PepO1 and PepN) 胁迫反应:1 proteins (ClpC) 未知功能: proteins (RnjA, Ldb0677 and PthA) 蛋白点质谱鉴定结果 蛋白点质谱鉴定结果 ID Spot no. Expression factor A/NA Gene Protein Accession no. 2-DE RT-qPCR 糖酵解途径 K14 456 1.82 3.14 glcK Glucokinase（葡萄糖激酶） YP_618316.1 K22 664 3.72 29.86 Ldb1036 Fructose-2,6-bisphosphatase（果糖-2,6-二磷酸酶） YP_619006.1 M15 596 -1.85 -14.42 gap Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase（3-磷酸甘油醛脱氢酶） YP_618713.1 M23 614 1.83 13.45 eno Enolase （烯醇化酶） YP_619161.1 L11 175 1.86 10.78 pyk Pyruvate kinase（丙酮酸激酶） YP_618880.1 K4 580 1.59 5.10 gpmA Phosphoglycerate mutase（磷酸甘油酸变位酶） YP_618404.1 L6 304 -1.61 -22.32 ack Acetate kinase（乙酸激酶） YP_618754.1 戊糖磷酸途径 M12 180 -1.51 -6.68 gpd GAPDH （磷酸葡萄糖脱氢酶） YP_619397.1 M21 10 -1.53 -24.76 Ldb0534 phosphoketolase （磷酸酮醇酶） YP_618635.1 K10 382 1.70 4.92 Ldb0588 putative 3-carboxymuconate cyclase YP_618678 蛋白点质谱鉴定结果 ID Spot no. Expression factor A/NA Gene Protein Accession no. 2-DE RT-qPCR 伴侣蛋白 L4 7 -2.04 -13.45 clpC ATP-binding subunit ClpC gb|EGD26863.1| 核苷酸代谢 K3 75 -1.48 -20.25 pyrG Ctp synthase （CTP合成酶） YP_004033330.1 M17 543 1.51 23.43