常见的分子标记及遗传连锁图谱.ppt

原理：将分离群体(F2、BC、DH）中的个体依据目标性状(如抗病、感病)分成两组，在每一组中将若干个体DNA等量混合，形成两个DNA混合池(如抗病池和感病池)。由于分组时仅对目标性状进行选择，因此两个池之间理论上就应主要在目标基因区段存有差异，也称近等基因池法（Isogenic DNA pool） 。 优点：克服了许多作物没有或难以创造相应NILs的限制(Michelmore等1991)。 集群分离分析法 (Bulked Segregation Analysis) 1991年，Michelmor RW等首次利用集群分离分析法在没有近等基因系的条件下，通过对F2分离群体进行RAPD分析，寻找与靶基因连锁的RAPD标记的方法。他们从100个引物中找出3个与莴苣Dm基因连锁的RAPD标记。 目前F2集群分离分析法在基因定位中已被广泛应用 。如：莴苣抗霜霉病基因、水稻抗瘿蠓基因水稻抗稻瘟病基因、水稻耐黄丛卷叶病毒病基因等。 产量、品质、熟期等大多数重要农艺性状，均表现数量性状的遗传特点，受许多数量基因座位（Quantitative Trait Loci, QTLs）和环境因子的共同作用。 数量遗传学无法确定控制数量性状的QTLs数目，也无法确定单个QTL的遗传效应及染色体位置。 分子连锁图谱的发展，可以实现对单个QTL遗传效应的追踪，从而应用于分子标记辅助选择。目前已发展了QTLs定位的多种方法。 （3）、数量性状基因的定位 QTL作图所需的数据 遗传标记数据 数量性状数据 ? 目前QTLs定位的方法主要包括： 　　①单一标记定位法 该方法因每次定位只考虑一个标记座位而得名。其原理是根据分离群体中标记基因型间的数量性状平均值的差异来分析确定该标记所在区域有无QTL(Thoday,1961; Soller,1976; Stuber,1992,Tanksley 1982; Edwards,1987;Weller,1988)。由于该法不能确定某标记究竟与一个还是多个QTL连锁，不能确定QTL的可靠位置以及不能分辨QTL效应和重组率等，使其检测效率不高。 　　 ②区间作图法 80年代以来，饱和分子连锁图谱在越来越多的物种上得以建立，为在整个基因组范围内检测QTLs提供了可能。Lander和Bostein(1989)提出了构建数量性状基因图谱的区间作图法(Interval Mapping)，即通过利用相邻的一对遗传标记来检验该遗传连锁区间与数量性状观测值之间的相关是否显著。由于该方法假定一条染色体上只存在一个效应较大的QTL，而当一条染色体上存有2个或多个效应近似的QTL时，区间作图法难以逐一分辨QTL的效应，致使QTL定位不准确甚至有误(Martinez和Curnow,1992)。 　　 ③复合区间作图法(Composite Interval Mapping)　 为了克服区间作图法的上述缺陷以及能利用多个遗传标记的信息，Zeng(1993,1994)提出了复合区间作图法，以提高多个连锁QTL的辨别能力及其相应位置和效应估计的准确性。Zeng(1993)认为，由于染色体的结构是线性的，当不存在连锁干扰和基因互作时，一个标记基因型值的偏回归系数只受与其相邻区间内的基因的影响，与其它区域内的基因无关。虽然连锁干扰和基因互作可能存在并对作图会有影响，但这种影响较小。在此基础上，Zeng(1994)将多元回归分析引入了区间作图法，实现了同时利用多个遗传标记的信息对基因组的多个区间进行多个QTLs的同步检验(Jiang和Zeng,1995)。 1、对拟南芥种子进行诱导处理产生一系列点突变 2、将种子培养，获得第一代拟南芥突变个体3、第一代植株自花授粉，产生第二代 4、将第二代植株种子收集，抽提DNA，存放于96孔板。 5、将多个96孔板的样本合并到1个96孔板内（最多可合并8个），用两对特异性引物进行PCR扩增，两对引物分别用700nm和800nm荧光染料标记。  6、对拟南芥种子进行诱导处理产生一系列点突变 7、?将种子培养，获得第一代拟南芥突变个体 8、将第二代植株种子收集，抽提DNA，存放于96孔板 9、分别得到700nm和800nm两张图。发生突变的泳道，在700nm的图上可以在野生型条带下方看到一个条带，同时在800nm的图上相同的泳道也会有一个条带，这两个条带就是CEL I核酸酶的剪切产物，两个条带片断大小之和等于扩增片段的大小，从而很容易对扩增产物进行突变检测 10、当混合样本检测到突变后，要对混合样本中的每个DNA样本再次进行筛选，检测出发生突变的DNA样本。 技术关键一：获得高质量的TILLING图像??? 将红外荧光检测技术与TILLING技术结合后，可以同时获