源代码从多序列中批量设计引物primers-peaker.pdf

#源代码#从多序列中批量设计PCR引物primers

Peaker

首先假设我们手里有40个序列文件，每个文件中包含两个

sequence序列信息，那么我们现在一共有80个序列了。现在我们要对

这80个序列进行批量的primers设计。每个序列都来自一个clone的

末端，然后我们想要找出每个end之间的region区域。到现在为止，

我们需要从已知region区域设计primer引物，然后对序列进行PCR扩

增。这个想法就是通过第一段sequence序列去检索左侧的primer，然

后通过第二段序列检索右侧的primer。这个工作可以分为以下几个步

骤：

1.阅读.fasta为后缀的FASTA格式文件，序列信息，

并在一个列表中

2.通过SeqIO解析并每一个fasta文件，然后将第二条

序列转换为互补序列。

3.两条序列被整合为一个。这个原始的序列之间region现

在是的。这就是为什么我们要在第一步中选择primer，然后来

这条未知的region。要记住这个工作背后的原理是在每一个

end检索primer。

4.有了这些序列后，我们准备好去将primer设计结果写入

文件了，这依赖于Python的Primer3工具。

第一部分我们调用Python语言的SeqIO包，利用parse()函数解析

文件，序列信息，然后将第二条序列通过reverse_complement()函

数反转为互补序列。

第二部分我们利用Primer3设计primer引物，并在输出文件

中。

这一过程我们只需要通过一个迭代循环，批量fasta文件，对

每个文件中的序列都用上面方法结合PRIMER3设计引物，并写出文

件，这样就可以实现批量设计序列引物了。

最后输出结果如下

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