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#数据库#HAPPI：AComprehensiveDatabaseof

HumanAnnotatedandPredictedProteinInteractions注释

预测蛋白互作数据库

垚垚垚舞

HAPPI：人类注释和预测蛋白互作数据库，是一个免费的，开源的，

全面的数据库，这个数据库从公共数据资源和计算预测方面搜集了计

算注释的人类蛋白质互作关系，并收录在该数据库中。

这个数据库详尽的整合了BioGRID,I2D,IntnetDB,HPRD,和

STRING数据库中的人类蛋白互作数据，并在数据仓库中。在数据

仓库中，也整合了从NCBI，PubMed，UniProt，HUGO，EBI，PDB中得到

的序列，结构，通路，和文献标注等信息。该数据库的目的是为生物学

研究人员开发一种新的蛋白质互作数据库。

HAPPI数据库现在更新到2.0版本，包含640798个人类蛋白质互

作关系对，对网络生物学和网络药学的研究是非常有益的。在HAPPI中，

每一个蛋白质互作关系，都有一个置信度，值在1-5之间。

下面我们来介绍一下该数据库的使用流程：

1.用蛋白质的UniProtID或名作为关键字来搜索蛋白

质互作关系

输入要查询的蛋白质的UniProtID或击“Enter”。

你可以输入多个ID，用逗号或分号隔开。

例如:1)TNF2)BRCA1_HUMAN;FOXA1_HUMAN3)

brca1,tnf,atm,pcna

2.用不同的ID搜索蛋白质互作关系。

首先选择ID类型。然后输入ID列表（多个ID用逗号或分号

隔开）或者可以上传一个ID文件，文件格式为每行一个ID。

3.浏览蛋白质相互作用涉及的查询蛋白质及其相互作用蛋

白

提交查询蛋白后，与查询蛋白相关的一个互作蛋白列表将会

加入到数据网络中，同时还有每个蛋白的描述，互作资源，以及

一个1-5的置信度得分。互作蛋白根据置信度得分排列。得分越

高越靠前。用户可以单击蛋白质的UniProtIDs导航到

ProteinSummaryofFacts页面（列表5），或者单击每个互

作蛋白左侧的导航到ProteinInteractionDetail页

面（列表4）

4．浏览蛋白质互作详细信息

在“ProteinInteractionPairDetailedReport”页

面，用户可以进一步查看互作蛋白之间的生物学关系证明。例

如，之前在“ProteinInteractionList”页面，用户能够找

到INS_HUMAN和INSR_HUMAN互作关系，置信度得分为5。在这

个页面中，会有两种蛋白的详细信息。

在该页面中，有互作蛋白的不同注释信息。当前版本中，注

释信息包括：蛋白描述信息（来自于UniProt数据库），相关gene

symbol信息（来自NCBIGENE数据库）的相关文献的，

与每一个蛋白相关的分子通路信息（来自于KEGG数据库），每个

蛋白的PDB结构信息。Gene/mRNA序列特征比对信息。