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手把手教你设计引物 （图文并茂 ） 2014-05-14 10 33 不知不觉几年下来 自己也快毕业了 ，感谢丁香园这些年来的帮助。没有什么可回报的东西 ，就发个帖教教新人如何设计引物 吧 ，尽量做到手把手的教 ，图文并茂。 引物设计的帖子不少 ，以前很多战友会推荐Oligo、PrimerPremier、DNA man等等软件。这些软件设计完最后还是要去 BLAST比对下 ，所以我教大家一种易懂实用的在线设计方法 ，觉得好的话请投个票。 就以人的PTEN基因为例 ，首先你要找到他的基因序列 ，如果你要用的是cDNA ，就找它的mRNA序列。如果你要做的是 DNA ，就找DNA的序列。 以cDNA为例 ，普遍的一种方法是上PUBMED中GENE栏搜索找到cDNA那栏 ，但PUBMED导出序列不太方便 ，我介绍个网站 http /// index.html 1. 输入 目的基因 ，进入 2.在左侧栏选择TRANSCRIPT ，选择后进入 3. 选择PTEN-001中的TRANSCRIPT进入 ，点击左侧cDNA 4. 然后点击CONFIGURE THIS PAGE进入设置你要显示的内容 5. 除了第一栏SHOWEXONS选择Y ES外 ，其他的都选择NO ，然后取个名字保存SAV E CONFIGURATION AS 6. 然后在左侧栏点击DOWNLOADVIEW AS RTF可下载你要的cDNA序列 ，这个文件可以用WORD打开 ，不同的颜色代表一个 外显子间断 下载后打开的WORD 7. 然后根据可以根据你感兴趣的序列设计引物了 ，比如我在分别在第6和第7外显子分别设计上下游引物。选取并复制第6和第7 外显子序列 8. 登陆 http ///tools/ primer-blast/ ，粘贴这段序列 ，设置好RANGE和PCR产物的大小 ，然后在下面 点击GET PRIMERS ，可以在线设计并比对引物 9.最后选择一个比较特异性的引物 ，条带大小要尽量单一 ，其他的基因序列尽量不要比对到 编辑 ： viviank