构建系统发育树的方法材料.pptx

系统发育树构建 赵慧 16SrRNA片段获取 DNA提取 基因组DNA PCR扩增 16SrRNA 细菌培养液 测序 序列比对 1.使用DNAstar中的SeqMan对未知菌测序得到的两条序列进行组装连接 SeqMan使用方法：1.打开软件如图 2.点击Add Sequence 然后选择侧得的序列（带有图的） 3.点击 Assemble 得到如下图，然后双击Contig1 4.得到下图，减掉两端不好的序列，点击Contig，再点击save consensus ，保存。 NCBI比对 5.将得到的序列输入到NCBI上进行比对 6.Blast DAN 7.输入组装的DNA序列 8.选择相似的菌种 9.下载FASTA格式 10.MEGA7比对 1.打开软件点击Align-Edit/Build Alignment 然后 OK-DNA 再然后是Edit ---insert sequence from file----选择序列（相似菌和目的菌，fasta格式）----选中序列---点击Alignment ---Align by clustalW----保存（mas格式） 构建发育树 再点击phylogency----construct/test neighbor- jioning tree-----然后选择上述保存的文件.mas 然后参数选择Bootstrap method 1000 其他默认，点击compute 得到系统发育树 谢谢