第2章序列比较.pdf

第2 章 _____年，人类基因组计划开始实施，标 志着人体“生命之书”掀开第一页。中 序列比较 国于_____年跻身人类基因组计划，承担 了1％的测序任务，_____年_____月 _____ 日，国际协作组宣布人类基因组 “工作框架图”绘制完成。人类基因组 大约由_____亿对碱基构成，其中大约有 _____个基因 第一节序列的相似性  序列比较的根本任务是：  发现序列之间的相似性 同源（homology ）- 具有共同的祖先 辨别序列之间的差异  目的： 直系同源(orthologs): 同源的基因是由 于共同的祖先基因进化而产生的 相似序列  相似的结构，相似 的功能 旁系同源(paralogs): 同源的基因是由 判别序列之间的同源性 于基因复制产生的 推测序列之间的进化关系 1 生物序列的相似性 paralogs 相似性： 是指一种很直接的数量关系，比如部 分相同或相似的百分比或其它一些合适 的度量。比如说，A序列和B序列的相似 性是80 ％，或者4/5 。这是个量化的关 系。当然可进行自身局部比较。 orthologs 生物序列的同源性 相似性和同源性关系 同源性： 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋 般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序 白质序列具而共同祖先的结论，属于质 列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相 的判断。就是说A和B的关系上，只有是 似性来推测序列是否同源。 同源序列，或者非同源序列两种关系。 正因为存在这样的关系，很多时候对序列的 而说A和B的同源性为80 ％都是不科学的。 相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经 常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序 列的同源性为80 ％一说。