如何使用R软件.ppt

 语言入门 一 R 软 件 简 介 R语言的由来 R语言是从S语言演变而来的。 S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室，由Rick Becker, John Chambers, Allan Wilks开发。 基于S语言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函数、建立模型，具有良好的扩展性，取得了巨大成功。 1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka，编写了一种能执行S语言的软件，并将该软件的源代码全部公开，这就是R软件，其命令统称为R语言。 R软件简介 R是开源软件，代码全部公开，对所有人免费。 R可在多种操作系统下运行，如Windows、Linux和UNIX等。 R需要输入命令，可以编写函数和脚本进行批处理运算，语法简单灵活。 目前在R网站上约有两千多个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等诸多方面。 下载和安装R The Comprehensive R Archive Network 简称CRAN，提供下载安装程序和相应软件包。 R主页 / R软件首页 / R登陆界面(Windows版) R Gui 的菜单介绍 R程序包 为什么要安装程序包？ 特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。 例如：系统发育分析，往往要用到ape程序包，群落生态学vegan包等等。 程序包是什么？ R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 Window下的R程序包是已经编译好的zip包。 每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。 常用R程序包 base- R 基础功能包 stats- R统计学包 nlme- 线性及非线性混合效应模型 Graphics- 绘图 lattice- 栅格图 ape- 系统发育与进化分析 apTreeshape- 进化树分析 seqinr- DNA序列分析 ade4- 利用欧几里得方法进行生态学数据分析 常用R程序包 cluster- 聚类分析 ecodist- 生态学数据相异性分析 mefa- 生态学和生物地理学多元数据处理 mgcv- 广义加性模型相关 mvpart- 多变量分解 nlme- 线性及非线性混合效应模型 ouch- 系统发育比较 BiodiversityR - 基于Rcmdr的生物多样性数据分析 vegan- 植物与植物群落的排序，生物多样性计算 常用R程序包 maptools- 空间对象的读取和处理 sp- 空间数据处理 spatstat- 空间点格局分析，模型拟合与检验 splancs- 空间与时空点格局分析 picante- 群落系统发育多样性分析 程序包使用 在菜单栏程序包选择加载程序包… 或者在控制台中输入如下命令： library() ####()内为程序包名称 调用程序包内的函数与R内置的函数调用方法一样 查看帮助文件 如何知道stats程序包内部都有哪些函数？ 最常用的方法： 1 菜单 帮助Html帮助 2控制台中输入library(help=stats) 查看帮助文件 1 help(t.test) 2 ?t.test 3 help.search(t.test) 4 apropos(t.test) 5 RGuiHelpR函数帮助(文本) … 二 数字、字符与向量 赋值与注释 在控制台中键入如下命令 2+2 a-2 -也可用=, -代替 b-2 c-a+b c #注释 向量的运算 数学运算 运算后给出数值结果 +, -, *, /, ^ 比较运算 运算后给出判别结果（TRUE FALSE） , , =, =, ==, != 逻辑运算 与、或、非 !, , , |, || 向量的运算 R的函数 每一个函数执行特定的功能，后面紧跟括号，例如： 求和 sum() 绘图 plot() 排序 sort() 除了基本的运算之外，R的函数又分为高级和低级函数，高级函数内部嵌套了复杂的低级函数，例如plot()是高级绘图函数，函数本身会根据数据的类型，经过程序内部的函数判别之后，绘制相应类型的图形，并有大量的参数可选择。 部分函数 计算 log(x) log10(x) ex