生物医学信息学 Biomedical Informatics.PDF

生物医学信息学 Biomedical Informatics “生物医学信息学”是计算机科学与生命科学和医学的交叉学科，是近几年在美国 等发达国家兴起的前沿学科。本课程的教学目的是使学生了解生物信息和医学信息技术 在医疗卫生行业中的应用，特别是在生物医学研究中的应用。提高学生的综合素质，满 足大数据时代生物医学教育的需求。主要讲授计算机技术在医学及医疗卫生领域的应用， 其目的是使学生了解基础医学研究及医疗卫生领域中所使用的多种计算机知识和技术， 能够运用所学知识和技能解决生物医学领域的实际问题。教学过程中坚持技术服务需求 的核心理念，课程安排了计算机技术在医学领域中应用的历史、现状、存在的问题、热 点和技术难点等内容，课程以专题形式进行，包括生物医学数据库、医学自然语言处理、 医学数据挖掘、医学知识库、精准医学的临床应用、序列比对、二代测序数据分析、疾 病基因组、基因芯片数据分析、生物网络分析和系统建模等等内容。课程除讲授各专题 的基本概念以外，还向学生展示该领域的应用实例，加深学生对课程内容的理解。 本课程计划与美国德州大学健康科学中心、印第安纳大学医学院医学和分子遗传学 系以及肯塔基大学医学信息学系联合授课，并邀请徐华教授、刘云龙副教授和张国强教 授来上海讲课。可将美国在这一领域的最新进展传授给学生。为复旦在这一新兴学科的 建设打下一个基础。本课程选用参考书目为 Edward H. Shortliffe 编著的《Biomedical Informatics》和李霞主编的《生物信息学》。 刘雷 研究员 复旦大学 liulei@ 刘雷，复旦大学生物医学研究院研究员，长期从事生物医学信息学研 究 ，发表 SCI 论文 60 余篇，取得软件著作权 20 余项，申请专利 6 项。讲授过 “生物信息学” ，“计算机辅助医学”等课程。正在主持 国家重点研发计划 “精准医学研究”专项“疾病研究精准医学知识库 构建”项目。 Hua Xu, Professor, University of Texas Health Science Center Hua.Xu@ Dr. Hua Xu is Robert H. Graham Professor at the School of Biomedical Informatics at The University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth). He directs the Center for Computational Biomedicine at UTHealth. Dr. Xu’s primary research interests include biomedical natural language processing and healthcare data mining. He has published over 100 peer-reviewed papers and has been principal investigator of many grants, including multiple R01s from NIH. In 2014, Dr. Xu has been elected as a fellow to the American College of Medical Informatics.