能源微生物功能基因组的整合分析数据库用户使用指南.pdf

[编号] 能源微生物功能基因组的整合分析 数据库 用户使用指南 中国科学院青岛生物能源与过程研究所 崔球 张华仁 0.1 2010-10-25 目 录 1 数据库用户指南编写目的 1 2 能源微生物数据库简介 1 3 能源微生物数据库访问 2 4 能源微生物数据库的使用 2 4.1 网站页面布局 2 4.2 能源微生物数据库的基本功能4 4.2.1 测序实验 5 4.2.2 基因组分析 5 4.2.3 代谢组分析7 4.2.4 转录组分析 26 4.2.3 其他 28 5 问题咨询 29 i 1 数据库用户指南编写目的 本数据库用户指南旨在对能源微生物功能基因组的整合分析数据库有一个比较详细的 整体描述，让读者从整体上把握本数据库的整体内容、层次和建库目的，并对各子数据库的 内容、格式及应用进行较为详细的阐述，目的是让读者详细了解本数据库数据的制作过程及 阅读导航，为用户提供较为全面的数据信息。 2 能源微生物数据库简介 能源微生物数据库全称为能源微生物功能基因组的整合分析数据库，是中国科学院青岛 生物能源与过程研究所为解决工业化利用能源微生物（如能源微藻）生产生物能源所面临的 基础科学问题，而建立的一个允许协同分析与注释，整合基因组、转录物组、蛋白组、代谢 物组、相互作用组学等功能基因组学数据的综合信息数据库系统。自2009 年10 月开始上线 服务。该数据库目前已收集热纤梭菌、热乙酸菌、和微拟球藻共三个物种的基因组、转录组 和代谢组数据，总数据量约为1.1TB。物理数据库建设有基因与转录物组和蛋白质与代谢物 组两个子库。基因与转录物信息子库中的基因数据来源于青岛生物能源与过程研究所生物资 源中心基因组测序部门的原始实验数据和其他著名数据库（NCBI,KEGG）的整理数据，以及 基因组及转录物组分析过程中产生的中间数据，数据总量约1.1TB；蛋白质与代谢物信息子 库的数据主要来源于中国科学院青岛生物能源与过程研究所代谢物组学及蛋白质组学相关 研究团队的高通量代谢物及蛋白质组学鉴定标准数据，包括在标准实验条件下获得的代谢物 标准核磁共振谱及色质联用标准数据，以及对其他电子资源的信息二次加工所获得的数据， 目前已经收集了超过2 万个小分子代谢物信息，包括别名，化学结构，涉及的生物学物种和 代谢途径等，已经收集了超过2 千张标准核磁共振谱图，建立了基于核磁共振及色质联用的 高通量代谢物组学高效分析方法。 该数据库可以按照物种（热纤梭菌、热乙酸菌、微拟球藻）对测序实验数据、基因组数 据、代谢物组数据和转录物组信息进行检索或者浏览。具体使用方法可查看本手册的后续章 节。 本数据库中的在线数据对所有用户开放，用户可以免费查询和下载数据。除数据查询 1 和下载服务外，本数据库还向用户提供以下两种类型的服务：数据委托分析服务和数据传递 服务。其中数据委托分析服务通过使用青岛生物能源与过程研究所的超级计算机资源为外来 用户的基因组测序原始数据进行委托分析，方便不具备基因组序列分析软硬件资源的