NCBI数据库的使用与功能介绍.ppt

NCBI 数据库;NCBI分子生物学数据库  /;National Center of Biotechnology Information; NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地结合在一起。;;以IL6基因为例：; Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常有用的寻找基因的工具，通过Map viewer你可以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细胞遗传学图、EST、SNP等等许多有用的信息。;利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter;如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列;蛋白序列：;已知一基因序列：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC ;BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种比较方法可选择： Blastp：一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较 Blastn：一个核酸序列与一个核酸数据库比较。 Blastx：一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较，可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。 Tblastn：一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据库比较。 Tblastx：一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种读框比较，但由于计算太复杂在网页中不能应用。;Gene info：17号染色体;功能注释：Gene Ontology;获取蛋白质的序列信息;获取FASTA序列;Find domain;填入蛋白质的FASTA序列并提交;BIR domain;三级结构显示