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中缅树鼩微卫星分子标记的筛选及特征分析的开题报告

一、研究背景和意义

中缅树鼩（Tupaiabelangerichinensis）是一种东南亚特有的哺乳动物，常栖息于热带雨林及其周边地区。由于其可食用、药用以及微型灵敏的特性，中缅树鼩已成为东南亚地区的重要经济物种。然而，由于过度捕捉和栖息地丧失等原因，中缅树鼩的数量不断减少，已被列入国际濒危物种红色名录。因此，研究中缅树鼩的遗传多样性和保护基因资源已成为当前迫切需要解决的问题。

微卫星分子标记（Microsatellitemolecularmarker）是一种在无需特定基因序列探针的情况下，通过PCR技术扩增特定DNA区域并分析其中的DNA多态性来确定遗传多样性的方法。微卫星分子标记具有高度遗传多样性、基因型特异性和可重复性等优点，因此被广泛应用于动植物遗传多样性研究和种系鉴别等领域。

由于中缅树鼩的基因组尚未被完全测序，并且目前已报道的微卫星分子标记数量较少且分布不均，因此需要进一步开展中缅树鼩微卫星分子标记的筛选和特征分析，以建立更为完整和可靠的中缅树鼩微卫星分子标记数据库，为中缅树鼩的遗传多样性研究和种系鉴别提供有力支持。本研究拟采用先进的生物信息学技术，通过对中缅树鼩基因组序列的分析，快速、准确地筛选出微卫星分子标记，并对其多态性和遗传特征进行分析。

二、研究内容和方法

（一）研究内容

1.采集中缅树鼩样本，并分离DNA。

2.通过生物信息学分析，筛选出具有潜在微卫星位点的基因序列。

3.在潜在微卫星位点周围设计合适的引物，对中缅树鼩样本进行微卫星PCR扩增。

4.对PCR扩增产物进行聚合酶链式反应产品分析（Polyacrylamidegelelectrophoresis，PAGE）。

5.对具有多态性的PCR产物进行二次PCR扩增，纯化、测序、定型，并对遗传多态性进行统计和分析。

（二）研究方法

1.筛选微卫星位点：在中缅树鼩已知的EST序列、基因组数据中搜索潜在微卫星位点，确定重复序列长度在2-6bp之间。

2.设计引物：根据潜在微卫星位点的序列特征设计扩增引物，优选引物的理化性质和位点多态性等因素。

3.微卫星PCR扩增：对中缅树鼩样本DNA进行微卫星PCR扩增，优化扩增反应条件（引物浓度、温度、循环次数等）并进行PCR产品检测和纯化。

4.PCR产品分析：将PCR产物用PAGE技术分离和观察，评估分离结果，挑选出具有多态性的PCR产物进行二次PCR扩增。

5.二次PCR扩增：对具有多型性的PCR产物进行二次PCR，将其纯化、测序、定型，统计和分析遗传多态性。

三、预期结果及意义

本研究通过生物信息学技术和PCR技术相结合的方法，从中缅树鼩基因组序列中筛选并鉴定出多个微卫星位点，建立中缅树鼩微卫星分子标记数据库，从而为其遗传多样性研究、群体遗传学和种系鉴定等领域提供可靠和丰富的分子标记工具和研究方法。同时，本研究将为中缅树鼩的保护和资源利用提供科学依据，为促进区域生物多样性保护和可持续发展作出应有的贡献。