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 计算机辅助药物设计与SYBYL软件的应用 汇报人：刘培培 2014.10 ——PPT总结汇报 * * 内容摘要 SYBYL-X软件简介 SYBYL_X软件的应用 SYBYL_X中COMFA的步骤 COMFA的结果展示 * * 1 introduction SYBYL Base包括了用于分子模拟的丰富工具：结构搭建、优化、比较；结构及相关数据的图形显示；标注、图形输出；多种精确的力场。 SYBYL基础软件包含分子建模的基础模块和工具，可以实现分子结构搭建、优化、比较，结构和相关数据的可视化，注释，硬拷贝，抓屏以及多种分子力场的研究。SYBYL基础软件与SYBYL应用软件整合在一起，使其更加有利于用户的科研工作。 SYBYL基础应用中的QSAR可以通过构建模型来预测位置化合物的活力  * * QSAR with CoMFA? 建立3D-QSAR模型(CoMFA) QSAR 的工作原理 Quantitive Structure Activity Relationships 建立生理活性与可计算的分子性质之间的关系 以数值的方式描述活性 以数值的方式来描述分子的性质 合理的统计方法使活性与描述符相关 重要的影响因素 models must be predicitive - or they’re useless（可预测性） models should be interpretable - where possible（可解释性） * * QSAR with CoMFA? 建立3D-QSAR模型(CoMFA) CoMFA通过图形技术将结构与活性的关系展示出来 –CoMFA自问世以来，由于其预测能力强，模型形象、直观，已逐渐成为应用最为广泛的3D-QSAR方法 立体场 绿色：增加体积会增强活性 黄色：减少体积会增强活性 静电场 蓝色：增加正电荷能增强活性 红色：增加负电荷能增强活性 通过等势图，可以判断空间中哪些位置分子场的变化会与活性变化是相关的。活性 * * * * SD模型是一个图，每个节点代表角色，角色间的连接意味着为了达到某种目标，一个角色在某些方面需要依赖于另一个角色。 SD模型表达了角色希望从其它角色那里得到什么，因此可被看成是一个相关性的网络 Depender Dependee dependum * * 为了表明两个角色之间关系的自由性与控制性的本质，将相关性区分为4种类型： 目标相关性（goal dependency）: the depender depends on the dependee to bring about a certain state of affairs in the world. 任务相关性（task dependency）: the depender depends on the dependee to carry out an activity. 资源相关性（resource dependency）: the depender depends on the dependee for the availability of an entity (physical or informational). 软目标相关性（softgoal dependency）: a depender depends on the dependee to perform some task that meets a softgoal. 将相关性的强度划分为三种不同的程度：开放的（open/ uncommitted）、受约束的（committed）和关键的（critical） * * SD模型关注于角色之间的关系，而SR模型为每个角色对它们有意识的关系进行推理提供建模支持 SR模型是一个图，图中的节点代表目标、任务、资源和软目标，它们可以通过手段-目的链或任务分解链进行连接 * * 4 Agents-in-the-World versus Agents-as-Software i*框架设计过程中的几个关键问题 自治性（Autonomy） Agents-in-the-world:需要意识到它们周围的不确定性。