ColorAtom基于VMD的MD后处理云图工具 (原子数值着色工具) 图文使用教程.docx

ColorAtom——基于VMD的MD后处理云图工具（原子数值着色工具）图文使用教程（TUTORIAL）（Ver. 2012.11.29）利用Lammps进行MD计算，可以得到关于原子的很多数值信息。例如，应力、势能、动能等等。VMD是一款来自Illinois大学的非常强大的分子动力学可视化软件。如果你想用VMD做出下面这样的图形，本文可以帮到你。下载见：/viewthread.php?tid=42423可通过作者邮件索取。很多时候，我们在后处理的时候，需要按照原子的某个信息（例如，势能）对原子进行着色。通过拜读mdbbs上的以下两篇牛贴，笔者按照【1】贴中的方法，基于VMD-1.9.1，做了一个小程序名字叫ColorAtom的小程序。【1】 /thread-24429-1-3.html【2】 /thread-24159-1-1.html（1）安装VMD-1.9.1（这里下载：/Research/vmd/）（2）修改ColorAtom.bat代码将附件中的ColorAtom.bat解压。按照以下方法修改此文件，并保存。这样保存以后，就可以在本机的任何路径执行ColorAtom了。将文件中以下两行（图中第4-5行）：:: Set the Path of VMDPATH=%PATH%;C:\Program Files (x86)\University of Illinois\VMD改为：:: Set the Path of VMDPATH=%PATH%;写上你的VMD安装目录（3）执行把（2）步中修改过的ColorAtom.bat文件，复制到你的结果文件的文件夹。在命令窗口中执行以下命令ColorAtomdump文件名着色序号例如：在附件的例子中，dump命令为dumpallatm all custom 10 Tensile.lammpstrj id type x y z vxvyvzc_csymc_peratomdump_modifyallatm sort id生成的文件名为Tensile.lammpstrj，使用c_peratom（倒数第一个自定义变量）的值为原子着色，则命令为：ColorAtomTensile.lammpstrj User（着色序号定义：User、User2、User3、User4分别表示dump命令输出的倒数第一、二、三、四个变量）（参见【1】中的定义）图示为输入命令：下图为正在执行：执行完成后，自动打开Color Scale Bar 窗口，创建图例；打开Color controls 调整颜色。如下图：程序执行过程中会生成临时TCL文件temp.tcl，程序退出后自动删除。如果需要查看该文件，请在VMD关闭前将其复制到其他路径（或对其重命名）。（4）美化对自动生成的图像，进行颜色、旋转、移动调整，美化完成以下绘图。（t=0ps）（t=100ps）（t=200ps）（5）程序结束程序执行结束，显示作者信息。欢迎交流。后记（已经发现的Bug）1. 如果过程中有Lost atom，则程序自动停止。2. 读入变量上限为4个。欢迎大家纠正，纠正后可将tcl文件发给我。POPTIGERgaoqiang.chen@