绘制基于分子数据的TCS网络图的基本步骤.PDF

绘制基于分子数据的TCS 网络图的基本步骤 熊荣川 中国科学院成都生物研究所 xiongrongchuan@126.com 在进行系统发育生物学或是谱系地理学方面的研究时，我们常常需要用到单倍型网络图，其 中较为广泛应用的就是TCS 网络图。怎么应用分子序列来绘制TCS 网络图呢？ 当然首先，你下载了软件TCS1.21 （Clement et al. ，2000 ） （下载地址http://darwin.uvigo.es/software/tcs.html） 还有就是准备好你要分析的序列文件。 打开TCS1.21 之后，只是一个小小的窗口， 然后，点击 “Start New TCS Analysis ”进入真正的页面 从“File”中导入要分析的序列 可以看出，我们需要准备“nex”或 “phy”格式的文件。 经过笔者的一些实验，传统的clustal 或者mega 等软件转化的文件都会出错， 推荐到服务器http://sing.ei.uvigo.es/ALTER/转化成相应的格式 （通常为phy 格式）后再导入 TCS 中使用 结果出来之后，需要拖动图中的单元进行结构调整，以达到清晰的效果。 参考文献： Clement M., Posada D.,Crandall K.A. 2000. TCS: a computer program to estimate gene genealogies. Molecular Ecology, 9: 1657-1659.