六蛋白质结构预测.pptx
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蛋白质结构预测.ppt
第四节蛋白质结构预测中的主要生物信息资源一、常用蛋白质序列数据库1、PIR数据库（Proteininformationresource）2、SWISS-PROT数据库3、TrEMBL数据库4、UniProt蛋白质数据仓库二、常见蛋白质结构数据库1、蛋白质结构数据库—PDB（Proteindatabank）2、蛋白质结构分类数据库（SCOP和CATH）第31页，共56页，星期日，2025年，2月5日蛋白序列数据库种类繁多，各有特色。根据实际情况，通常结合几个不同数据库对结果进行比较以下介绍3种数据库1、PIR数据库（Proteininformationresource）网址：http://www
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结构基序预测蛋白质功能.ppt
2.SimilaritybetweenbindingsitestructuresTocomparebindingsitestructures,weusedtheGIRAFstructuralsearchandalignmentprogramwithsomemodificationstoenablefasterdatabasesearchandflexiblealignments(unpublished).Afterall-against-allcomparisonsofbindingsites,elementarymotifsweredefinedascomplete-linkageclust
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蛋白质结构与功能预测.ppt
模板搜索与比对工具网站备注PSI-BLAST/BLAST/位置特异性叠代BLAST，可用来搜索远源家族序列FASTA3http://www.ebi.ac.uk/fasta33/位于EBI的序列比对工具SSEARCHrs.fr/bin/ssearch-guess.cgi采用Smith/Waterman法来进行序列比对ClustalWhttp://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/index.html多序列比对工具，位于EBIT-Coffeehttp://www.ebi.ac.uk/t-coffee/用多种方法（如ClustalW、DIalign等）来构建多序列比对Mult
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5 蛋白质三级结构预测.ppt
用Swiss-model分析如下序列，进行三级结构建模，取3个结果，并分析所得模型 MSSGQCRSANAEDAQEFISDVERAIETLIIKNFHQSYSSVESNLAIGGKESTLTPSELRDLVTQQLLLKSSKPHLMPSNCGLEEKIASNLGSCKKNDSKLEEFRSFWAELLIGEAAKKSSVKLERPVRGH; * * 能量函数 蛋白质的势能 基本步骤 选择蛋白质能量函数模型 选择三维结构的表示方法 选择三维结构的评价函数 选择寻找最优结构的优化方法 ?关键问题 大规模非线性规划 大量的局部极小点 在计算时间和准确度之间寻找平衡 基于
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6多序列比对和蛋白质结构预测.ppt
图1 根据序列预测蛋白质功能的技术路线 二、通过比对数据库相似序列确定功能 具有相似序列的蛋白质具有相似的功能。因此，最可靠的确定蛋白质功能的方法是进行数据库的相似性搜索。一个显著的匹配应至少有25%的相同序列和超过80个氨基酸的区段。 已有不少种类的数据库搜索工具，它们或者搜索速度慢，但灵敏；或者快速，但不灵敏。快速搜索工具(如BLASTP)很容易发现匹配良好的序列，所以没有必要再运行更花时的工具(如FASTA、BLITZ)；只有在诸如BLASTP不能发现显著的匹配序列时，这些工具才被使用。 所以，一般的策略是首先进行BLAST检索，如果不能提供相关结果，运行FASTA；
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蛋白质结构预测的原理与方法.ppt
*二、蛋白质二级结构预测的意义蛋白质二级结构预测不仅仅可以给出二级结构信息，在实际工作中有广泛的用途。①由蛋白质二级结构统计分析得到的规则可用于全新蛋白质设计或蛋白质突变体的设计。②当序列同源性较低时，二级结构的指认有助于确定蛋白质间结构与功能的关系。③在同源蛋白质模建中，二级结构预测有助于建立正确的序列比对关系。④在基于二级结构片段堆积的三级结构预测中正确的二级结构预测是第一步。⑤二级结构的预测有助于多维核磁共振中二级结构的指认，同时也有助于晶体结构的解析。第31页，讲稿共79页，2023年5月2日，星期三*三、蛋白质二级结构预测的主要方法二级结构预测的方法大体分为三代：第一代是基于单个氨基
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5.9蛋白质折叠和结构预测.pdf
在某些物理或化学因素作用下，蛋白质的特定空间构象被
破坏，从而导致蛋白质的理化性质发生改变和生物学活性
丧失，称为蛋白质的变性。蛋白质的变性主要发生在二硫
键和氢键的破坏，并不涉及一级结构中氨基酸的排列顺序
溶解度降低
粘度增加
结晶能力消失
现象
生物学活性丧失
容易被蛋白酶水解
蛋白质的变性
紫外吸收发生变化
尿素和盐酸胍，能与多肽主链竞争氢键，因此破坏蛋白质
变性剂的二级结构
引起蛋白质变性的因素
十二烷基硫酸钠（SDS）,破坏蛋白质分子内的疏水相互
去污剂作用使非极性基团暴露于介质水中。
当变性因素除去后，变性蛋白质又可以重新回复到天然构
复性象，这一现象称为蛋白质的复性
5.9蛋白质
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第11讲 蛋白质高级结构预测.ppt
* 任何一对蛋白质，如果两者的序列等同部分超过30%（序列比对长度大于80），则它们具有相似的三维结构，即两个蛋白质的基本折叠相同，只是在非螺旋和非折叠区域的一些细节部分有所不同。 *注： 图形用户界面（Graphical User Interface，GUI） NP是指非确定性多项式（non-deterministic polynomial，缩写NP） 著名的推销员旅行问题（Travel Saleman Problem or TSP）：假设一个推销员需要从香港出发，经过广州，北京，上海，…，等 n 个城市， 最后返回香港。 任意两个城市之间都有飞机直达，但票价不等。假设公司只给报销 C
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蛋白质结构预测算法.pdf
蛋蛋白白质质结结构构预预测测算算法法的的核核心心原原理理与与前前沿沿进进展展
蛋白质是生命活动的核心执行者，其功能度依赖于三维空间结构。蛋白质结构预测通过计算手段从氨基酸序列推断其三维构
象，是生物信息学领域最具挑战性的任务之一。随着深度学习技术的突破，该领域经历了革命性发展。本文将从基础方法到前
沿技术，系统解析蛋白质结构预测的核心算法及其演化路径。
一一、、蛋蛋白白质质结结构构预预测测的的基基本本框框架架
蛋白质结构分为四个层级：一级结构（氨基酸序列）、二级结构（α螺旋/β折叠等局部构象）、三级结构（单个亚基的完整三
维结构）、四级结构（多亚基复合体）。预测算法主要聚焦于三级结构预测，核心
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蛋白质结构与功能预测.ppt
******************************InterPro蛋白家族信息AC号，家族名称家族蛋白其他数据库中的收录情况相关的其他家族条目类型第50页,共78页，2024年2月25日，星期天InterPro蛋白家族信息生物体内的信息说明结构链接数据库链接第51页,共78页，2024年2月25日，星期天InterPro蛋白家族信息该家族蛋白在不同种类生物体中出现情况其他家族与该家族的重叠情况第52页,共78页，2024年2月25日，星期天*练习四：InterProScanhttp://www.ebi.ac.uk/InterProScan/数据：C:\ZCNI\shixi4\prot
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蛋白质序列分析和结构预测.doc
蛋白质序列分析和结构预测
【实验目的】
1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；
2、熟悉蛋白质基本性质分析；
3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；
4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】
1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素(adiponectin)蛋白质序列；
2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；
3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；
4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；
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蛋白质结构分析与预测.ppt
6.3 蛋白质结构分类 相似的结构聚在同一个类内，把蛋白质划分为各种家族可以揭示蛋白质远 距同源信息 结构分类主要依据：的是序列比对和结构比对 分类方法：分层分类方法（树状结构） 结构类 折叠子：把折叠模式相似的归为一类如：tim桶等 超家族：把同一折叠类的蛋白进一步分成不同的超家族，在同一个超家族说明 它们同源；不在同一个超家族说明他们折叠模式相似但是同源证据不足或者缺 乏。例如：SCOP中的醛缩酶和乙醇酸盐氧化酶 家族：同源 Homology相似序列大于25% 注意区别： 同源体：具有共同祖先的蛋白质 相似体：不是同一祖先进化得到的，但是 有相同的折叠模式 结构分类数据库CATH和SC
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AlphaFold和蛋白质结构预测.docx
AlphaFold和蛋白质结构预测
目录
一、内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
二、AlphaFold的发展历程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
研究历程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
近年来的重要进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
AlphaFold的优势与局限性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
三、蛋白质结构预测的基本原理和
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蛋白质结构预测的原理与方法.ppt
蛋白质序列：二级结构：蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的主要组成部分之一。第31页，共78页，星期日，2025年，2月5日一、蛋白质二级结构预测概述蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二级结构的倾向。二级结构预测问题是模式分类问题二级结构预测的目标：判断每一段中心的残基是否处于?螺旋、?折叠、转角（或其它状态）之一的二级结构态，即三态。第32页，共78页，星期日，2025年，2月5日基本策略（1）
相似序列→相似结构QLMGERIRARRKKLKQLMGAERIRARRKKLK第33页，共78页，星期日，2025年，2月5日二、蛋白质二级结构预测的意义蛋白质
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结构基序预测蛋白质功能.ppt
关于结构基序预测蛋白质功能第1页，共41页，星期日，2025年，2月5日在类的合并上，主要有三种算法来确定类间的距离：单一连锁(single-linkage)、完全连锁(complete-linkage)和平均连锁(average-linkage)。这三种算法在定义类间的距离时分别取两类间的最小距离、最大距离和平均距离。前两种算法对边缘值太过敏感，对于未知的元素分布，一般采用平均连锁算法。完全连锁(completelinkage)，又称最远邻(furthestneightbour)方法。同样从相似度矩阵或距离矩阵出发，但定义距离为两类之间数据的最大距离。同样不考虑到类的结构。倾向于找到一些紧凑