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NAMD入门教程(一)kan.doc

发布:2018-05-24约1.27万字共78页下载文档
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1. 分子动力学模拟概论 1.1 分子动力学模拟的发展 1.2 分子动力学模拟的基本原理 1.3 分子动力学模拟相关软件 2. 分子动力学入门 2.1 基本设置 2.2 生成蛋白质结构文件(PSF) 2.3 蛋白质的溶质化 2.4 球状水体中泛素(Ubiquitin)的分子动力学模拟 2.5 立方水体中泛素(Ubiquitin)的分子动力学模拟 2.6 简单的结果分析 3. 分析方法 3.1 平衡态分子动力学模拟分析 3.1.1 每个残基的RMSD值 3.1.2 麦克斯韦-波尔兹曼(Maxwell-Boltz
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