甲基化芯片与数据分析.ppt

甲基化芯片数据分析应用

DNA甲基化

研究DNA甲基化的意义

DNA甲基化与肿瘤发生

高效液相色谱重亚硫酸盐测序甲基化特异性PCR焦磷酸测序甲基化DNA免疫共沉淀常用的检测手段

HumanPromoter1.0RHumanTiling1.0R/2.0R0102Affymetrix甲基化芯片实验

甲基化实验流程

样品交联利用甲醛对样品进行固定，使蛋白与染色质进行交联

染色质片段化超声波打断染色质

免疫共沉淀-CHIP特异性MBD2抗体结合

洗涤纯化对CHIP染色体进行进行纯化，并对DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测CHIP效率

PCR扩增利用随机引物扩增CHIP和对照组DNA片段

片段化标记使用DNA末端标记试剂盒将PCR扩增产物打断成碎片DNA，并进行标记

杂交洗脱扫描

甲基化芯片数据分析及应用

甲基化芯片数据类型

单通道甲基化芯片数据分析

数据解析

数据质控——信号分布

数据质控——MA图

散点图

GC含量及ATCG位置信号分布

标准化

标准化

标准化

双通道甲基化芯片数据分析

原始数据每个样本的信号值和Input信号值的比值

染色体区域范围内探针所代表的甲基化水平AMS（绝对甲基化水平）探针所代表的相同数量CpG的甲基化水平MEDME对smoothedlog-Ratio进行处理，使用全甲基化数据构建出log-Ratio对AMS的模型。再代入待测样本的log-Ratio数据计算出RMS。RMS（相对甲基化水平）RMS/AMS计算——MEDME

A完全相同值的探针探针filterB没有peak的区域PeakfilterFILTER

差异甲基化探针筛选

差异甲基化基因注释

全基因组展示

差异甲基化聚类

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