转录组与一代测序技术在燕山红玉肉鸡屠宰性状基因挖掘中的应用研究.docx

转录组与一代测序技术在燕山红玉肉鸡屠宰性状基因挖掘中的应用研究

目录

转录组与一代测序技术在燕山红玉肉鸡屠宰性状基因挖掘中的应用研究（1）

一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2研究目的与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3研究方法与技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1.1样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1.2样本处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.2实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.2.1导入组构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.2.2一代测序．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.3数据分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

三、转录组数据挖掘．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

3.1转录组数据概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

3.2基因表达谱分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

3.3基因序列比对与功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

四、一代测序数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

4.1序列比对与变异检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

4.2基因型鉴定与遗传多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

4.3基因功能预测与通路分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

五、屠宰性状相关基因挖掘．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

5.1屠宰性状相关基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

5.2基因-性状关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

5.3基因克隆与表达验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

六、研究结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

6.1研究主要发现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

6.2研究不足与局限．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

6.3未来研究方向与应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

转录组与一代测序技术在燕山红玉肉鸡屠宰性状基因挖掘中的应用研究（2）

一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

研究背景和意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

1.1燕山红玉肉鸡概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

1.2转录组学与一代测序技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

1.3研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

研究内容与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

2.1研究内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

2.2研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．