SNP基因分型技术进展.ppt

SNP基因分型技术进展 大纲 什么是SNP SNP分型方法 SNP的应用 疾病遗传连锁和关联分析，疾病易感基因的定位 药物基因组学 人类起源和进化研究 法医学领域 法医学领域应用的优缺点 优点： 突变率低 适于高通量技术分析 片段短-适于降解样本分析 缺点 单个位点信息含量比STR低，需同时分析更多位点 应用数据远少于STR SNP分型技术 分类方法 区分SNPs特异位点的原理方法 数据的检测分析手段：荧光、发光、质谱等 分析平台：均相、固相支持。 区分SNPs特异位点的原理方法 等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage) 等位基因特异性杂交 1、利用FRET的均相杂交 双杂交探针（Roche） TaqMan 探针（AB） 分子信标 2、微阵列杂交和荧光检测 FRET Fluorescence resonance energy transfer,荧光共振能量传递 双杂交探针 双杂交探针 TaqMan TaqMan 分子信标 分子信标 微阵列杂交 GeneChip system （Affymetrix） 探针-固相 含SNP位点的PCR产物 SNP位点大规模筛选 区分SNPs特异位点的原理方法 等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage) 引物延伸 Minisequencing 焦磷酸测序 等位基因特异性延伸 Minisequencing 电泳-荧光检测：SNaPshot（AB） MALDI-TOF MS 质谱 微阵列-荧光检测 荧光偏振检测 Minisequencing” (ABI SNaPShot) MALDI-TOF MS 基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱 分子质量与飞行时间相关 PinPoint assay（AB） 10-plex 微阵列-荧光检测 阵列引物延伸（arrayed primer extension, APEX） Tag-microarrays 荧光偏振检测 焦磷酸测序 模板单链 多重能力 等位基因特异性延伸 区分SNPs特异位点的原理方法 等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage) 等位基因特异寡核苷酸连接 商品化试剂盒 SNPlex Illumina system 区分SNPs特异位点的原理方法 等位基因特异性杂交(allele specific hybridization) 引物延伸(primer extension) 寡核苷酸连接(oligonucleotide ligation) 入侵分裂(invasive cleavage) Invader assay SNP检测技术总结 SNP分型在法医学领域应用的可行性 通量： 所需DNA量 分析混合样本的能力 目的 多重能力 等位基因特异寡核苷酸连接 SNPs检测技术 区分SNPs位点的 原理方法 数据的检测 分析手段 杂交 荧光检测技术 引物延伸 连接反应 DNA芯片 质谱检测技术 其他检测技术 入侵分析 800电话：800-810-9761 SNPs概述 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms，SNPs） 指基因组DNA序列中由于单个核苷酸（A，G，C，T）插入、缺失、转换和颠换等而引起的多态性，而且任何一种等位基因在群体中的频率不小于1%。 二等位基因（bialletic)多态性 高保守性 高密度：每1kb出现1个SNP 第三代遗传标记：第一代RFLP、第二代STR 光源 发射光 供体 受体 发射-激发 D A 3‘ 5’ 5‘ 3‘ 5‘ 3‘ R Q 返回 Minisequencing” (ABI SNaPShot) Multiplex-不同长度引物对应不同SNP位点