blast简介和其应用13.12.15.ppt

BLAST简介及其应用;*;*;*;*;*;*;*;*;*;*;Why use BLAST?;BLAST的使用;Blast的使用;网页版 具体步骤;1.登陆blast主页/BLAST/;组装的基因组序列库;;;;;组装的基因序列库;;;2.根据数据类型，选择合适的程序;2.根据数据类型，选择合适的程序;2.根据数据类型，选择合适的程序;*;*;;;常用的检索数据库;nr数据库是合并了若干个主要的蛋白质或DNA数据库得到的。这些数据库中经常包含有相同的序列，但nr数据库只收录其中的一个序列(即使在nr数据库中出现看上去一样的序列，实际上还是具有一些细节上的区别)。 nr数据库是在要搜索现有的绝大多数序列时典型和常用的数据库。 ;*;;*;*;*;*;*;*;3.填写表单信息 在网页的Enter accession number.gi.or FASTA sequence对话框中输入待查询序列，下面Choose search set→database项中选Swissprot库（nr：NCBI所有翻译库，Refseq：专家参照库，Swissprot：欧洲蛋白质专??库，pat：专利库，pdb：蛋白质三维结构库），单击BLAST运行程序。;*; 如不单击BLAST，而单击BLAST下面的Algorithm Parameters，可以进行BLAST的高级设置选项。;*;*;4.BLAST程序启动后，进入Formatting Blast界面，如图： ;*;5.在色条上单击，进入Conserved Domains（保守结构）分析界面，可以看到序列的保守性利用不同的算法，得出不同的结果，如图：;*;6.如果不单击色条而继续等待，系统将自动更新，不久将获得BLAST比对得到大量相似序列；再经过几分钟后，BLAST界面自动刷新，列出分析结果;*;*;*;*;*;