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Amber11安装及注意事项
本次安装的系统为CentOS 5.3 x64位版本，假设所有的编译器已经装好，环境变量已经设置好（GNU）。
本次安装需要用到以下文件： Amber11及AmberTools 1.5（Amber11需要购买，AmberTools可以到 / 下载） Amber11.tar
AmberTools-1.5.tar.bz2 bugfix.all（for AmberTools 1.5）
apply_bugfix.x（for Amber11）
bugfix.1to17.tar.bz2（for Amber11）
OPENMPI并行器（可以到 / 下载） openmpi-1.4.3.tar.bz2
假设以上文件均位于/public/soft文件夹内，下面开始安装。安装使用的编译器为GNU系列（gcc/gfortran），并行器为openmpi 1.4.3版本。
开始：$cd /public/soft
1.$ tar xvfj AmberTools-1.5.tar.bz2 2.$ tar -xvf Amber11.tar
3.$ cp bugfix.all apply_bugfix.x bugfix.1to17.tar.bz2 ./amber11
接下来我们回到用户的根目录，编辑.bashrc文件 4.$ cd ~
$ vi .bashrc
在文件最后添加如下代码并保存： #amber11 export AMBERHOME=/usr/local/amber11
export PATH=$PATH:/usr/local/amber11/bin
$ source .bashrc （编译.bashrc）
5.$ cd /usr/local/amber11
6.$ patch -p0 -N bugfix.all
7. $ chmod 700 apply_bugfix_all.x
8. $ ./ apply_bugfix_all.x bugfix.1to17.tar.bz2
AmberTools 1.5串行版安装：
9.$ cd AmberTools/src 10.$ ./configure gnu 11. $ make serial
AmberTools 1.5串行版安装完成。
测试AmberTools串行版(可Amber11及AmberTools-1.5完全安装后再测试，推荐过程中测试)：
$ cd $AMBERHOME/AmberTools/test
$ make test
?
设置AmberTools 1.5的环境变量：
$ vi ~/.bashrc
#MPI AmberTools
export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools
export PATH=$AMBERHOME/AmberTools/exe:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/$AMBERHOME/AmberTools/lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ source .bashrc（编译.bashrc）
AmberTools 1.5的环境变量设置完成。
Amber11串行版安装：
$cd AmberTools/src
$./configure gnu
$cd $AMBERHOME
$./AT15_Amber11.py
$cd src
$make serial
Amber11串行版安装完成
?? 测试Amber11串行版(可Amber11及AmberTools-1.5完全安装后再测试，推荐过程中测试)：
? $ cd $AMBERHOME/test
?? $ make test
安装和配置并行器openmpi ：
安装openmpi-1.4.1.tar.bz2（gnu版）：
$ tar?xvjf openmpi-1.4.1.tar.bz2
$ cd openmpi-1.4.1
$ ./configure --prefix=/public/soft/ompi140-gnu CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran -enable-mpirun-prefix-by-default --with-memory-manager=none --with-openib=/usr
$ make –j 8
$ make install
将openmpi140-gnu安装在：/public/soft/ompi140-gnu
配置文件 /etc/profile
$vi /etc/profile
#for openmpi140-gnu
export MPI_HOME=/public/soft/ompi140-gnu
export PATH=${MPI_HOME}/b
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