DNAStar中文使用说明书.docx

DNAStar中文使用说明书一、EditSeq打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用W indows 打开“tethis21.seq”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq 打开序列的同时，用Set Ends命令去除5’和 3 ’污染序列。z 从文件菜单（FILE MENU），选择Open。z 打开文件夹“D e m o S e q u e n c e s ”单击选定单击位于对话框右下角的序列“T E T H I S 2 1 ”。z Set Ends 按z ，点钮。Set Ends被打开（如右）。在5 ’框和3’框中键入 50和8 5 0击OK。单击Open打开序列。当EditSeq 窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的 80 1 b p 的片段。Se t En d s 选择在全部Lasergene 应用程序中都可以使用。2寻找开放读框在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。z 从S EARCH MENU找到O RF，点击打开会出现右边的对话框。z 单击Find N ext 寻找第一个ORF 的位置。z 继续点击Find N ext 直到你把O RF的位置选定在位置183-455。ORF的坐标会出现在EditSeq 窗口的顶端附近。DNA 序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如 果都可以用下面的方法进行3你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。z 选定ORF ， 从GOODIES MENUr a n s l a t e ）。z 翻译的蛋白菜单中选择 翻 译（T质序列出现在一个新的未命 名窗口中（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。4使用其它遗传密码根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗传密码转换成Ciliate Macronuclear密码 。z 从GOODIES M ENU 菜单选择Genetic Codes打开，子菜单显示如左。z 单击“Ciliate Macronuclear”就实现了遗传密码的转换，Ed i t S e q 现在使用的就是Ciliate Macronuclear的遗传密码。z 同样可以将遗传密码转换为其它类型。遗传密码的编辑这一节中我们修改C i l i a t e M a c r o n u c l e az 从G OODIES MENU 菜单选r 的遗传密码。择E ditz 点击DNAz 单击任何要编辑的密码，z 密码子，单击Set Starts按钮。第二的遗传密码Selected Code。这将打开右面的窗口，窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA 和RNA 序列的。如以DNA 形式展示密码，按钮。编辑时，从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。如使用不同的启始窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。5z 就会变成绿色，而且列的反向互补及反向转换单击任何氨基酸（或者codon 位置），该密码子旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需单击它即可。如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。序列的正确输入。E N U 菜单，选反向互补序列（Reverse Complement），A S T 检索下面的步骤可以用于反向测定的序z 选定序列。z 从G O O D I E S M或者把序列颠倒过来（Reverse Sequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。B LNCBI的B LAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比z 数据库默下面我们将在较。注意为了进行BLAST 查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。z 选定序，或者从EDIT菜单中选择S e l e c t A l l 。z 从网络检索菜单（NET SEARCHMENU），选择BLAST 查找。BLAST对话框就会出现。程序默认为b l a s t n ， 认是nr，参数转换请参照帮助。z 单击OK开始查找。6z 寻找结果显示为两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分具体结果。有关“sc o r es 网点——h t t p : / / w w w一般来说，更主要的