动脉自旋标记灌注磁共振成像信号处理工具包(ASLtbx).PDF

C - L Quantification Denoising 动脉自旋标记灌注磁共振成像信号处理工 具包(ASLtbx) (2012-05-24) /~zewang/ASLtbx.php 王 泽 宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院精神病学系和放射系 zewang@ redhatw@ 中文版首稿由杜妮翻译而成 1 CONTENT 1. 简介3 1.1 理论和背景3 1.2 软件及硬件要求4 1.3 图像格式4 1.4 使用协议4 2. 安装 ASLTBX 4 2.1 下载 ASLTBX 4 2.2 解压缩以及安装ASLTBX 6 2.3 MATLAB 中添加ASLTBX 搜索路径6 2.4 样本数据6 2.4.1 数据结构及参数 6 2.4.2 功能性刺激 6 2.4.3 使用脚本文件批处理数据 6 3. 使用SPM GUI 对ASL 数据进行预处理7 3.1 图像复位7 3.1.1 SPM GUI 中设置或选择原始图像 7 复位 9 确定AC 9 重设图像原点 9 3.2 头动校正 (新) 9 3.3 功能项与结构项配准9 3.4 平滑9 4. 使用脚本文件处理ASL 数据9 4.1 流程文件和数据设置文件9 4.2 复位以及设置原点 10 4.3 头动校正 10 4.4 配准 10 4.5 平滑 10 4.6 去除颅外体素，生成MASK 文件 10 4.7 计算CBF 10 4.8 单被试广义线性模型 11 4.9 组分析 12 5. ASLTBX 计算CBF 13 5.1 GUI 模式 13 5.2 命令行 16 5.3 ASL 数据采集参数设置23 6 致谢24 2 1. 简介 1 本手册是一个关于动脉自旋标记灌注磁共振成像数据处理工具箱（ASLtbx ）的简短的使用指南 。该工具 箱是基于MATLAB 和SPM 来处理ASL 数据，包括脉冲ASL 数据，连续ASL 数据以及伪连续ASL 数据的工 2 具包 。所有学术用户都可以免费使用，在 /~zewang/ 可以下载获得（包含GPL 许可证）。 每一个改进的版本都包含了原始的 GPL 许可证以及头文件。同样可以下载得到的还有样本数据，包括静息态 ASL 数据和用户自定义的功能ASL 数据。没有宾夕法尼亚大学的正式许可，ASLTBX 以及样本数据都严禁商 用。基于本数据包做成的产品，我们（包括作者和宾夕法尼亚大学，下同）不承担任何责任。网站上提供的样 本数据， 不提供图像的参考或标准，血流量的测量以及任何方面的结果。而那些使用本数据处理工具包得到的 结果以及对数据的解释我们也不承担任何责任。我们只提供原始的代码以及数据。 使用ASLtbx 之前，用户需要掌握fMR