常用生物数据分析软件.pdf
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生物信息学实用技术系列丛书--
常用生物数据分析软件 V2.0
北京华大基因研究中心
目录
第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍1
1.1 远程登陆1
1.2 文件的复制、删除和移动命令7
1.3 目录的创建、删除及更改目录命令9
1.4 文本查看命令 11
1.5 文本处理命令 13
1.6 改变文件或目录的权限命令16
1.7 备份与压缩命令 18
1.8 磁盘及系统管理 20
1.9 软件安装简介 22
1.10 其他23
第 2 章 数据的基本处理 25
2.1 测序原理介绍 25
2.2 峰图转化 Phred 27
2.3 Phd2Fasta 32
2.4 载体屏蔽 cross_match 36
2.5 序列聚类拼接 43
2.5.1 Phrap 43
2.5.2 Cap3 50
2.6 Consed 54
2.7 Primer3 68
第 3 章 序列的比对 73
3.1 全局比对 76
3.1.1 Clustalw 76
3.1.2 MUSCLE 93
3.1.3 HMMER 99
3.2 局部比对 103
3.2.1 Blast 103
3.2.2 blat 117
3.2.3 blastz 123
3.2.4 GeneWise 130
3.2.5 Fasta 138
3.2.6 Exonerate 147
3.2.7 Sim4 152
第 4 章 基因组/基因的注释 160
4.1 重复序列分析 160
4.1.1 RepeatMasker 161
4.1.2 Trf 172
4.1.3 LTR_STRUC 177
4.2 RNA分析 179
4.2.1 tRNAScan 180
4.2.2 MicroRNA 185
4.2.3 snoRNA 193
4.2.4 rRNA（rfam） 198
4.3 基因预测 202
4.3.1 Glimmer 205
4.3.2 GlimmerM 210
4.3.3 Genscan 215
4.3.4 TwinScan 218
4.3.5 BGF 221
4.3.6 Fgenesh 223
4.4 基因功能注释 225
4.4.1 InterproScan 225
4.4.2 WEGO 231
第 5 章 SNP分析 236
5.1 Polyphred 237
5.2 SNPdetector 243
5.3 cross_match 250
第 6 章 进化分析专题 253
6.1 Phylip 255
6.2 Paml 261
6.3 KaKs_Calculator 267
6.4 FGF 275
6.5 mega 289
第 7 章 基因表达分析专题 293
7.1 EST(Expresse
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