铁细菌Acidiphilium的比较基因组研究.docx

铁细菌Acidiphilium的比较基因组研究

目录

铁细菌Acidiphilium的比较基因组研究（1）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.1铁细菌Acidiphilium概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2比较基因组学的重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.3研究目的与问题提出．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

二、文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.1铁细菌Acidiphilium的研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.2比较基因组学的研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.3相关研究工具与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

三、研究方法与数据来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.1研究样本的选取与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.2基因组测序及组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

3.3数据来源及质量评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

四、铁细菌Acidiphilium的比较基因组分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

4.1基因组基本特征比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

4.2编码基因及功能注释比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

4.3非编码RNA比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

4.4基因组进化关系分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

五、铁细菌Acidiphilium的特定基因研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

5.1铁代谢相关基因研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

5.2耐酸基因的研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

5.3其他重要功能基因的研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

六、结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

6.1比较基因组学分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

6.2铁细菌Acidiphilium的基因特点分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

6.3结果分析与解释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

6.4结果讨论与对比研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

七、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

7.1研究总结与主要发现．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

7.2研究限制与不足．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

7.3未来研究方向与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

铁细菌Acidiphilium的比较基因组研究（2）．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

1.2研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46

1.3研究方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

二、铁细菌Acidiphilium概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．48

2.1铁细菌Acidiphilium的分类地位．．．．．．．．．．．